针对您提出的“同一个户口两笔土地证确权在一起是否合法”的问题，我们可以从法律层面和实务操作层面进行详细分析。

首先，从法律层面来看，我国土地登记制度的核心是“唯一性”。《土地管理法》第十二条明确规定，依法登记的土地所有权和使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。而《不动产登记暂行条例》第九条也进一步强调，不动产登记机构应当明确不动产登记簿唯一、合法的介质形式。这意味着，对于同一宗土地，其土地权属登记应当是唯一的，不可能出现两本合法有效的土地使用证同时存在的情况。如果同一宗地出现了两本土地使用证，那么这就构成了对土地登记制度“唯一性”原则的违反，是违法的。

其次，从实务操作层面来看，虽然理论上同一宗地不可能有两本合法有效的土地使用证，但在实际操作中，由于历史遗留问题、登记程序瑕疵等原因，有时确实会出现“一地两证”的现象。然而，这种现象并不合法，且可能引发权属纠纷、交易风险等一系列连锁反应。例如，权属重叠会导致土地流转、抵押等交易行为陷入效力争议；行政机关可能因登记错误承担国家赔偿责任；在司法实践中，法院也将依法撤销违法登记，确认唯一合法权属。

针对您提到的“同一个户口两笔土地证确权在一起”的情况，如果这两笔土地证确实指向了同一宗土地，那么这种确权方式就是不合法的。因为根据法律规定，同一宗土地只能有一本合法有效的土地使用证。如果出现了两本土地使用证，那么就需要通过行政纠错程序、司法确认之诉或协商调解机制等途径来化解矛盾，明确唯一合法权属。

综上所述，同一个户口两笔土地证确权在一起指向同一宗土地的情况是不合法的。如果遇到这种情况，建议及时咨询相关部门或专业律师，通过合法途径来维护自己的权益。