两个独立承包户的确权行为若符合法律规定及程序，确权在一起是合法的。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、法律原则角度

1. 意思自治原则：在民事法律关系中，当事人有权根据自己的意愿设立、变更或终止民事法律关系。若两个独立承包户自愿协商并达成一致，希望将他们的承包权确权在一起，且这种确权行为不违反法律的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，那么这种确权行为是合法的。

2. 合法合规原则：任何民事行为都必须遵守法律法规，不得违反法律的强制性规定。对于承包户的确权行为，必须确保其符合相关法律法规的规定，如土地承包法、农村土地承包经营权流转管理办法等。只有符合这些法律法规的确权行为，才是合法的。

二、具体法律条款角度

1. 土地承包法相关规定：根据土地承包法的规定，承包方之间可以自愿将承包土地入股发展农业合作生产，或者将土地承包经营权互换、转让。若两个独立承包户通过合法程序，如签订书面合同、报发包方备案等，将他们的承包权确权在一起，这种行为是符合土地承包法规定的。

2. 农村土地承包经营权流转管理办法：该办法对农村土地承包经营权的流转方式、程序等进行了详细规定。若两个独立承包户的确权行为符合该办法的规定，如流转合同的内容、签订程序等，那么这种确权行为也是合法的。

三、实际操作角度

1. 确权程序：在实际操作中，两个独立承包户若希望将他们的承包权确权在一起，需要按照相关法律法规的规定，履行一定的程序。例如，他们可能需要签订书面合同，明确双方的权利义务；可能需要报发包方备案，以便发包方对承包地进行管理；还可能需要办理相关的权属变更手续，如土地承包经营权证的变更等。只有按照这些程序进行确权，才能确保确权行为的合法性。

2. 第三方权益保护：在确权过程中，还需要注意保护第三方（如其他承包户、集体经济组织等）的合法权益。若确权行为可能损害第三方的利益，那么这种确权行为可能会被认定为无效。

四、可能存在的风险及防范

1. 合同风险：若两个独立承包户在确权过程中签订的合同存在瑕疵或漏洞，可能会导致确权行为无效或引发纠纷。因此，在签订合同时，应确保合同内容明确、合法、有效，并尽可能考虑各种可能的情况和风险。

2. 程序风险：若确权程序不符合相关法律法规的规定，如未报发包方备案、未办理权属变更手续等，可能会导致确权行为被认定为无效。因此，在确权过程中，应严格按照相关法律法规的规定履行程序。

建议：若两个独立承包户希望将他们的承包权确权在一起，建议先咨询当地的农业部门或法律专业人士，了解相关的法律法规和程序要求。在确权过程中，应确保合同内容明确、合法、有效，并严格按照相关法律法规的规定履行程序。若遇到任何问题或纠纷，应及时寻求法律帮助或通过合法途径解决。

有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况，为你提供更详细的法律建议。