针对您提出的“一个户口本上的家庭成员拥有两个土地确权证，土地变更权益是否合法”的问题，这需要结合具体情况和相关法律法规来综合判断。
首先，我们要明确的是，根据《土地管理法》的规定，农村村民一户通常只应拥有一处宅基地，这是“一户一宅”原则的基本要求。然而，在实际生活中，存在一些特殊情况，可能导致一户人家拥有多处宅基地或土地确权证。
因继承原因形成的一户多宅： 如果家庭成员通过继承方式获得了另一处宅基地上的房屋，并因此取得了该宅基地的使用权（按照地随房走的原则），那么这种情况下的“一户多宅”是合法的。在这种情况下，两个土地确权证都是基于合法继承取得的，因此土地变更权益也是合法的。
符合分户条件但未分户的情况： 如果家庭成员符合分户建房的条件，但尚未办理分户手续，且新建房屋占用的宅基地符合相关规划，并经过农民集体经济组织或村民委员会的同意并公告无异议，那么这种情况下的新建房屋及其宅基地也可以依法确权登记。在这种情况下，虽然户口本上仍为一户，但实际上已经形成了两个独立的居住单元，因此两个土地确权证也是合法的。
宅基地总面积未超过地方规定标准： 如果家庭成员拥有的两处宅基地的总面积加起来没有超过地方规定的标准，那么这种情况下的“一户多宅”也是合法的。在这种情况下，两个土地确权证都是基于实际使用面积且未超过标准而取得的，因此土地变更权益同样合法。
拥有合法手续的一户多宅： 如果家庭成员拥有的两处宅基地都办理了合法的审批手续，那么这种情况下的“一户多宅”也是被认可的。在这种情况下，两个土地确权证都是基于合法审批而取得的，因此土地变更权益也是合法的。
关于土地使用证上的名字：
另外，您提到的土地使用证上的名字问题，根据相关规定，土地使用证是确认土地使用权的法律凭证，通常只能写一个名字。但这并不影响土地权益的合法性和变更，因为土地权益的确认和变更是基于相关法律法规和审批手续，而不是仅仅依赖于土地使用证上的名字。
总结：
综上所述，一个户口本上的家庭成员拥有两个土地确权证是否合法，取决于具体情况和相关法律法规的适用。如果是因为继承、符合分户条件、宅基地总面积未超过标准或拥有合法手续等原因形成的一户多宅，那么两个土地确权证都是合法的，土地变更权益也相应合法。因此，在判断土地变更权益是否合法时，需要综合考虑多种因素，并依据相关法律法规进行具体分析。