针对您提出的“土地确权证在一起但户口不在一起，在二轮土地承包中如何处理”的问题，这确实是一个涉及农村土地承包政策的具体且复杂的情况。以下是我根据相关政策为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，土地确权证和户口虽然相关，但并非完全等同。土地确权证是确认土地承包经营权的法律凭证，而户口则主要反映家庭成员的户籍关系。在二轮土地承包中，关键在于确认土地承包经营权的归属，而非单纯依据户口。
针对您的情况，如果土地确权证上的承包方代表与当前户口上的户主不一致，但土地确权证上的其他家庭成员与户口上的家庭成员有重叠，且这些成员仍然享有土地承包经营权，那么通常不需要因为户口的变动而改变土地承包关系。也就是说，只要土地确权证上的家庭成员仍然存在且未放弃土地承包经营权，他们就有权继续承包该土地。
然而，如果因为户口变动（如分户、合户、迁出等）导致土地承包经营权的实际归属发生变化，或者需要调整承包方代表，那么就需要按照以下步骤进行处理：
家庭内部协商：首先，具有土地承包经营权的全部家庭成员应当协商达成一致意见，形成书面材料，明确新的承包方代表或土地承包经营权的调整方案。
递交集体经济组织：将协商形成的书面材料递交至集体经济组织，如村委会或村民小组等。
民主决议与公示：集体经济组织将组织民主决议，对提交的书面材料进行审议。审议通过后，将在本集体经济组织内进行公示，以确保所有成员的知情权。
签订承包合同：公示无异议后，按照延包政策要求，新的承包方代表或调整后的土地承包经营权人与集体经济组织签订承包合同。
变更登记申请：如果需要变更土地确权证上的信息，如承包方代表、家庭成员信息等，应由承包方代表提出变更登记申请，并提供相关证明材料，如公安机关颁发的《居民户口簿》复印件等。
审核与发证：经发包方（即集体经济组织）审核通过后，将进行变更登记，并重新颁发土地确权证或出具相关证明文件。
此外，如果因为特殊原因（如原承包方代表去世、人脸变形等无法通过人脸识别）需要变更户主或承包方代表，也应按照上述步骤进行处理，并提供相应的证明材料。
最后，需要强调的是，在处理这类问题时，应严格遵守相关法律法规和政策规定，确保土地承包经营权的合法、有序流转。如果遇到复杂情况或争议问题，建议咨询当地农业部门或法律专业人士的意见。