核心结论：加班工资的计算基数原则上应包含岗位津贴，但需结合具体证据和地方规定综合判断。以下分情况说明：

1. 法定计算基数规则
   根据《工资支付暂行规定》第十三条，加班工资计算基数应为劳动者”正常工作时间工资”，包含基本工资、岗位津贴等固定发放的劳动报酬。若岗位津贴属于每月固定发放的补贴（如技术津贴、职务津贴），应纳入计算基数。
   例外情形：若岗位津贴明确标注为”福利性津贴”（如交通补贴、餐补）或”风险性津贴”（如高温津贴），可能被排除在外，需结合津贴性质判断。

2. 劳动合同与工资条冲突的处理

   • 优先适用实际履行原则：若工资条连续3个月以上显示岗位津贴发放记录，且双方未提出异议，可视为对劳动合同的补充约定（《劳动合同法》第三十五条隐含修改规则）。
     
   • 举证责任分配：用人单位需承担”岗位津贴不属于工资组成部分”的举证责任，否则应纳入计算基数。建议劳动者保留工资条、银行流水等证据。

3. 地方性规定的特殊要求
   部分地区对加班工资基数有细化规定：

   • 北京：明确将”固定发放的津贴”纳入基数（《北京市工资支付规定》第四十四条）
     
   • 上海：要求以”劳动合同约定的工资标准”为准，但实际履行高于约定的按实际履行（《上海市企业工资支付办法》第九条）
     
   • 广东：规定”包括基本工资、奖金、津贴、补贴等货币性收入”（《广东省工资支付条例》第二十条）
     建议：劳动者可查询当地工资支付条例或向我提供所在省份进一步分析。

4. 实务操作建议

   • 劳动者：
     （1）整理近12个月工资条，标注岗位津贴发放规律；
     （2）核对银行流水与工资条金额是否一致；
     （3）若用人单位拒付，可向劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，主张差额部分50%-100%的赔偿金（《劳动合同法》第八十五条）。
     
   • 用人单位：
     （1）应在劳动合同中明确工资结构，区分固定工资与浮动奖金；
     （2）制定《薪酬管理制度》并经民主程序公示，避免口头约定；
     （3）加班审批表中注明”已含加班费”等字样（需劳动者签字确认）。

风险提示：若岗位津贴属于”非固定发放”的奖金（如季度绩效、年终奖），则不应纳入加班工资基数。建议根据津贴发放周期（月/季/年）和发放条件（如考勤达标）综合判断性质。如有具体案例细节，可进一步提供材料分析。