校区合作要求实习期离职交违约金，这一要求是否合法，需分情况讨论：
若实习协议中明确约定了违约金条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》（若实习关系被认定为劳动关系的一部分或类似情形，尽管实习生通常不直接适用该法，但相关原则可参考）及相关法律法规，如果双方在实习协议中明确约定了离职时需支付违约金的情形，并且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不存在欺诈、胁迫等情形，那么该约定在法律上是有效的。
- 但需注意，即使协议中有违约金条款，其合法性也需进一步审查。例如，违约金数额是否合理，是否过分高于用人单位因实习生离职所遭受的实际损失。如果违约金数额过高，可能被法院或仲裁机构调整或认定无效。
若实习协议中未约定违约金条款，或约定违反法律法规的强制性规定：
- 如果实习协议中没有约定违约金条款，或者约定的违约金条款违反了法律、行政法规的强制性规定（如约定了非法定的违约金情形，或违约金数额过高且无法证明实际损失等），那么该条款在法律上是无效的。
- 在这种情况下，校区合作方要求实习生支付违约金，缺乏法律依据，实习生有权拒绝支付。
关于实习关系的法律性质：
- 实习生与校区合作方之间的关系，通常不被认定为典型的劳动关系，而是可能被视为劳务关系或实习关系。因此，直接适用《中华人民共和国劳动合同法》关于违约金的规定可能存在争议。
- 然而，无论实习关系如何定性，双方之间的约定都应遵循公平、合理、合法的原则。如果校区合作方利用优势地位，在实习协议中设置不合理的违约金条款，可能面临法律上的挑战。
法律建议：
- 对于实习生：在签订实习协议前，应仔细阅读协议条款，特别是关于违约金的约定。如果认为违约金条款不合理或存在疑问，应及时与校区合作方沟通协商，或寻求法律专业人士的帮助。
- 对于校区合作方：在制定实习协议时，应遵循公平、合理、合法的原则，避免设置不合理的违约金条款。如果确实需要设置违约金条款，应确保条款内容明确、合理，并能够证明因实习生离职所遭受的实际损失。
可能法律后果：
- 如果校区合作方要求实习生支付不合理的违约金，实习生有权拒绝支付，并可能通过法律途径维护自己的合法权益。
- 如果校区合作方因实习生离职而遭受实际损失，且能够证明该损失与实习生离职之间存在因果关系，那么校区合作方有权要求实习生承担相应的赔偿责任。但这种赔偿责任与违约金是不同的法律概念，需根据具体情况进行判断。
总结：校区合作要求实习期离职交违约金是否合法，取决于实习协议中的约定以及该约定是否违反法律法规的强制性规定。实习生和校区合作方都应谨慎对待违约金条款的约定，确保条款内容合法、合理、明确。如有任何疑问或争议，建议及时咨询法律专业人士。