结论：事业单位自收自支不让员工上班是否合法，需根据具体情况判断，一般而言，若无正当理由且未遵循法定程序，则不合法。以下从多个角度进行分析：
一、事业单位用工性质与劳动合同
事业单位自收自支部门，虽然其经费来源可能不同于全额拨款或差额拨款的事业单位，但其用工性质仍属于劳动关系范畴。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者建立劳动关系后，应当签订书面劳动合同，明确双方的权利和义务。劳动合同中通常会约定劳动者的工作岗位、工作内容、工作时间等。若事业单位无正当理由不让员工上班，且未与员工协商一致或未按照法定程序进行，则可能构成违约行为。
二、不让上班的合法性分析
无正当理由不让上班：
- 如果事业单位没有合理的理由（如员工严重违反规章制度、不能胜任工作等）而单方面决定不让员工上班，且未按照法定程序进行（如未提前通知、未进行协商等），则这种行为可能构成违法解除劳动合同或违法停工。
- 在这种情况下，员工有权要求事业单位继续履行劳动合同，或者要求支付违法解除劳动合同的赔偿金。
有正当理由但程序不合法：
- 即使事业单位有合理的理由不让员工上班（如员工涉嫌违法犯罪、严重违反规章制度等），但如果未按照法定程序进行（如未进行调查取证、未给予员工申辩机会等），也可能构成违法。
- 员工在这种情况下，可以要求事业单位纠正违法行为，并可能要求支付相应的赔偿。
特殊情况下的停工：
- 在某些特殊情况下（如自然灾害、突发事件等），事业单位可能需要根据政府或相关部门的指示进行停工。但这种情况下，事业单位应当及时通知员工，并说明停工的原因和期限。
- 如果事业单位未按照规定通知员工或未说明停工原因和期限，员工也有权要求事业单位进行解释和说明，并可能要求支付相应的工资或生活费。
三、员工的维权途径
如果员工认为事业单位不让其上班的行为违法，可以通过以下途径进行维权：
与事业单位协商：
- 员工可以首先尝试与事业单位进行协商，了解不让上班的具体原因，并寻求解决方案。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门对事业单位的违法行为进行调查和处理。
申请劳动仲裁：
- 员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求裁决事业单位继续履行劳动合同或支付相应的赔偿。
提起诉讼：
- 如果对劳动仲裁结果不满意，员工还可以向人民法院提起诉讼，要求法院对事业单位的违法行为进行判决。
四、建议与提醒
- 保留证据：员工在维权过程中，应当注意保留相关证据（如劳动合同、工资单、停工通知等），以便在需要时提供证明。
- 及时咨询：如果员工对事业单位不让上班的行为有疑问或不确定如何维权，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。
总之，事业单位自收自支不让员工上班是否合法，需根据具体情况判断。如果员工认为事业单位的行为违法，可以通过协商、投诉、仲裁或诉讼等途径进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。