结论：旷工三天是否可以直接离职，并非由单一因素决定，而是需结合公司规章制度、劳动合同约定以及相关法律法规来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律层面分析
法律未明确规定旷工天数与离职的直接关系：
- 法律并未明确规定旷工多少天就必须办理离职手续。旷工行为本质上是员工违反了用人单位的劳动纪律，但具体处理需依据公司规章制度和劳动合同。
公司规章制度的重要性：
- 若用人单位在其依法制定的规章制度中明确规定了旷工三天属于严重违反规章制度的行为，并且该规章制度已经过民主程序制定且向劳动者公示，那么用人单位有权依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条第二项的规定，以劳动者严重违反规章制度为由解除劳动合同。此时，劳动者需配合办理离职手续。
二、公司规章制度与劳动合同角度分析
规章制度或劳动合同有明确规定：
- 如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了旷工三天即视为自动离职，且这些规定不违反法律法规，那么公司可以依据此规定直接办理离职手续。
规章制度或劳动合同无明确规定：
- 若公司规章制度或劳动合同中没有相关规定，或者规定不明确，则公司不能单方面直接因旷工三天而办理离职手续。此时，公司若希望解除劳动合同，应与劳动者进行协商或通过其他合法途径（如提前通知、支付经济补偿等）来解决。
三、实际操作层面建议
用人单位角度：
- 完善规章制度：建议用人单位完善规章制度，明确旷工等违纪行为的处理办法，并确保规章制度的制定和公示程序合法合规。
- 启动解除程序：若规章制度明确旷工三天为严重违纪，单位可启动解除劳动合同的程序，并要求员工办理离职手续。但需注意，在解除劳动合同时，用人单位应遵循法定的程序，如事先将理由通知工会等，确保解除行为的合法性。
- 尝试沟通：在某些特殊情况下，即使员工旷工，单位也可能不会立即办理离职手续，而是会先尝试与员工取得联系，要求其返回工作岗位并妥善交接工作。
劳动者角度：
- 了解规定：劳动者应了解并遵守用人单位的规章制度和劳动合同约定，避免旷工等违纪行为的发生。
- 主动沟通：若劳动者对旷工被解除劳动合同有异议或不愿配合办理离职手续，建议主动与用人单位沟通，寻求解决方案。
- 法律途径：若沟通无果，劳动者可通过法律途径解决争议，如申请劳动争议仲裁。
四、具体操作流程（以公司规章制度明确旷工三天可解除劳动合同为例）
- 确认旷工事实：公司应核实员工的旷工情况，包括旷工时间、原因等。
- 通知员工：公司应按照法定程序向员工发出书面通知，告知其旷工情况及可能的后果，如解除劳动合同。
- 办理离职手续：员工在收到通知后，应尽快与公司协商离职事宜，双方可签订离职协议，明确离职日期、工资结算、社保转移等事项。员工需归还公司财物（如工作证、办公用品等），并完成工作交接。
- 工资结算与社保处理：公司应按照法律规定和劳动合同约定，结清员工工资至离职日，并根据当地政策进行社保关系的转移或暂停缴纳。
总结与建议：旷工三天是否可以直接离职，需根据公司规章制度、劳动合同的约定以及法律法规来具体判断。在实际操作中，双方应遵循合法、公平、公正的原则来处理离职事宜。若你对具体规定或操作流程有疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律建议。