核心结论：货车挂靠公司但公司未收取挂靠费，可能涉及多种法律关系及风险，需根据具体情况分析处理。以下从不同角度展开说明：

1. 挂靠协议的法律效力与履行
   若双方已签订书面挂靠协议，协议中明确约定了挂靠费标准及支付方式，但公司未收取费用，可能构成违约。此时需审查协议条款：

   • 若协议未约定公司放弃挂靠费（如明确写明“免收挂靠费”），则公司无权事后主张费用；
     
   • 若协议未明确约定费用或约定模糊，需结合行业惯例、双方交易习惯等综合判断。若公司未履行协议中其他义务（如未提供管理服务、未协助办理运营手续等），挂靠方有权要求公司继续履行或赔偿损失。

2. 挂靠关系的实质认定
   即使未收取挂靠费，若公司实际为货车提供运营资质、管理服务或以其他形式参与经营（如统一投保、代收运费等），仍可能被认定为挂靠关系。此时：

   • 挂靠方需承担挂靠经营的法律责任（如交通事故赔偿、税务风险等）；
     
   • 公司若未收取费用但实际参与经营，可能面临行政处罚（如“未依法取得经营许可擅自从事道路运输经营”），甚至需与挂靠方承担连带责任。

3. 税务与财务合规风险
   若公司未收取挂靠费但未在财务上如实记录（如虚构收入或成本），可能涉及税务违法：

   • 公司可能被税务机关追缴税款、滞纳金及罚款；
     
   • 挂靠方若以公司名义开具发票，可能涉及虚开发票等刑事犯罪风险。

4. 建议处理方式

   • 审查协议：核对挂靠协议条款，明确双方权利义务；
     
   • 补充协议：若需继续合作，可签订补充协议明确费用标准及支付方式；
     
   • 终止合作：若公司未履行义务，可依法解除合同并要求赔偿；
     
   • 合规整改：完善财务记录，避免税务风险；
     
   • 法律咨询：若涉及纠纷或行政调查，及时委托律师介入处理。

提示：挂靠经营模式本身存在较高法律风险，建议通过合法途径（如成立个体工商户或公司）开展货运业务。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律问题。