关于公务员病假两个月是否影响年终奖的问题，这主要取决于您所在单位的具体规定以及当地的政策执行情况。不过，我可以根据一般性的规定和常见的做法，为您提供一些参考信息。
首先，我们需要明确的是，公务员的年终奖通常与其年度工作表现、考核结果以及单位的整体效益等因素有关。而病假作为公务员因身体原因无法正常工作的一种特殊情况，其是否影响年终奖，往往要看病假的时间长度以及单位对此的具体规定。
对于病假两个月的情况，一般来说，如果这两个月的病假并未导致您无法完成年度工作任务或严重影响您的工作表现，且您在病假期间也按照单位规定履行了相应的请假手续，那么理论上，这两个月的病假不应该直接影响您的年终奖。因为年终奖是对您一整年工作表现的奖励，而不是对某一段时间工作表现的单独评价。
然而，如果单位有明确规定，病假达到一定时间长度会影响年终奖的发放，或者病假期间的工作表现被纳入年终奖的考核范围，并且您的病假情况确实对年终奖产生了负面影响，那么您的年终奖可能会受到相应影响。
另外，我还注意到，您提供的参考信息中提到了《关于工改后机关事业单位工作人员病事假期间工资待遇有关事项的通知》等相关规定，这些规定主要关注的是病假期间的工资待遇问题，而并未直接涉及年终奖的发放。因此，在解答您的问题时，我们主要依据的是一般性的规定和常见的做法，而非具体的政策文件。
为了更准确地了解您的情况，我建议您：
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。