结论：针对国有建设工程项目专项贷款资金支付给施工单位后被法院冻结，施工单位提出执行异议的问题，施工单位可以从资金性质、合同约定、法律规定等多个角度提出异议，并需遵循一定的程序。

详细分析：

1. 从资金性质角度提出异议：

   • 资金专款专用性质：国有建设工程项目专项贷款资金通常具有专款专用的性质，即该资金仅能用于特定建设工程项目，不得挪作他用。施工单位可以主张该资金已被明确指定用于特定项目，因此不应被冻结用于其他债务清偿。
   • 法律依据：施工单位可以引用相关法律法规或贷款合同中的条款，证明该资金的专款专用性质，并据此提出异议。

2. 从合同约定角度提出异议：

   • 合同条款：施工单位与贷款方（如银行）或建设单位之间可能签订有相关合同，合同中可能明确规定了资金的支付方式、使用范围及冻结、扣划等限制条件。施工单位可以依据合同条款提出异议，主张法院冻结行为违反了合同约定。
   • 证据准备：施工单位需准备充分的证据，如合同文本、支付凭证等，以证明其主张。

3. 从法律规定角度提出异议：

   • 执行异议之诉：根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释的规定，施工单位作为案外人，如果认为法院的冻结行为侵犯了其合法权益，可以提起执行异议之诉。
   • 异议理由：施工单位可以主张其对冻结资金享有合法权益，如该资金为其合法所得、已用于项目支出等，并请求法院解除冻结措施。
   • 程序要求：施工单位需按照法律规定的程序提出异议，包括提交书面异议申请、提供相关证据材料等。

4. 提出异议的具体程序：

   • 提交异议申请：施工单位应在知道或应当知道冻结行为之日起一定期限内（如十五日内），向执行法院提交书面异议申请。
   • 法院审查：执行法院将对异议申请进行审查，并可能组织听证会听取双方意见。
   • 裁定结果：执行法院将根据审查结果作出裁定，裁定解除冻结或驳回异议申请。施工单位如对裁定不服，还可以依法提起上诉或申请复议。

建议与注意事项：

• 及时行动：施工单位在发现资金被冻结后，应尽快提出异议，以免错过法定时限。
• 专业协助：由于执行异议涉及复杂的法律程序和实体问题，建议施工单位寻求专业律师的协助，以确保异议的合法性和有效性。
• 证据充分：施工单位在提出异议时，应准备充分的证据材料，以支持其主张。

如有进一步疑问或需要具体法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。