结论前置：单位仅按最低工资计算加班费是违法的，用人单位应当依据劳动合同约定或法律规定的标准，合理支付劳动者的加班费。
一、法律依据与规定
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位在安排劳动者延长工作时间、休息日工作或法定休假日工作时，需支付高于正常工作时间工资的报酬，具体标准分别为不低于工资的150%、200%和300%。这里的“工资”指的是劳动者正常工作时间应得的工资，而非最低工资标准。此外，《工资支付暂行规定》第十三条也明确规定了加班费的支付标准，进一步强调了加班费计算基数的重要性。
二、加班费计算基数的确定原则
劳动合同约定优先：若劳动合同中明确约定了工资数额，该数额应作为加班费的计算基数。若工资项目分为多项，如基本工资、岗位工资等，应以各项总和为基数。
实际工资为准：若劳动合同未明确约定或约定不明确，则应以劳动者的实际工资作为计算基数。实际工资包括直接支付给劳动者的工资、奖金、津贴等，但不含加班费、伙食补助和劳动保护补贴。
三、单位按最低工资计算加班费的违法性分析
损害劳动者权益：最低工资标准是保障劳动者基本生活的最低限度，以其为基准计算加班费将大幅降低劳动者加班收入，违背法律对劳动者权益的保护原则。例如，若劳动者的正常工资远高于最低工资标准，而单位仅按最低工资标准计算加班费，那么劳动者的加班收入将大打折扣，这显然是不公平的。
违反法律规定：如前所述，《劳动法》及相关法规明确要求以劳动者正常工作时间工资为加班费计算基数。以最低工资标准替代，明显违反法律法规，存在被判违法的风险。在实际案例中，已有不少用人单位因以最低工资标准计算加班费而被劳动仲裁委或法院判决违法，并需补足加班费差额。
四、劳动者的维权途径
如果劳动者发现用人单位存在按最低工资标准计算加班费这一不合法行为，可以采取以下措施维护自己的合法权益：
协商沟通：首先尝试与用人单位进行协商，要求其按照正确的计算基数支付加班费。在协商过程中，劳动者可以引用相关法律法规，明确表达自己的诉求和理由。
投诉举报：若协商无果，劳动者可以向当地的劳动保障监察部门进行投诉。劳动保障监察部门将依法对用人单位进行调查处理，并责令其改正违法行为，支付相应费用。
申请劳动仲裁：在必要时，劳动者还可以申请劳动仲裁。劳动仲裁委将依法审理案件，并作出裁决。如果用人单位不履行裁决，劳动者还可以向法院申请强制执行。
五、建议与指导
明确合同条款：劳动者在签订劳动合同时，应与用人单位明确约定加班费的计算基数，并确保其符合法律法规要求。这样可以在发生纠纷时，为劳动者提供有力的法律支持。
保留证据：劳动者在平时工作中，应注意保留与加班相关的证据，如加班通知、考勤记录、工资条等。这些证据将在维权过程中发挥重要作用。
积极维护权益：若发现用人单位存在违法行为，劳动者应积极维护自己的权益，不要因为害怕报复或担心麻烦而放弃维权。法律是保护劳动者权益的有力武器，劳动者应充分利用法律手段来维护自己的合法权益。
综上所述，单位仅按最低工资计算加班费是违法的，用人单位应严格遵守相关法律法规，确保加班费的计算合法合理。劳动者也有权通过多种途径维护自己的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。