事业单位试用期三年一般是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律依据与合法性判断
《事业单位人事管理条例》第十三条明确规定，初次就业的工作人员与事业单位订立的聘用合同期限3年以上的，试用期为12个月。这意味着，即使合同期限超过3年，试用期最长也只能设定为12个月，三年试用期显然超出了这一法定上限。
《中华人民共和国劳动合同法》第九十六条也指出，事业单位与实行聘用制的工作人员订立、履行、变更、解除或者终止劳动合同，法律、行政法规或者国务院另有规定的，依照其规定；未作规定的，依照本法有关规定执行。在事业单位人员试用期问题上，《事业单位人事管理条例》的规定具有优先适用性，因此三年试用期不符合该条例的规定，也就不合法。
二、试用期设定的合理性与目的
试用期是事业单位对员工进行全面考核的重要阶段，旨在确保员工的能力与岗位需求相匹配。然而，过长的试用期不仅可能损害员工的合法权益，如影响员工的收入、职业发展等，也可能降低员工的工作积极性和归属感，对事业单位的稳定运营和人才选拔产生不利影响。因此，合理设定试用期长度对于保障双方权益、维护单位稳定运营具有重要意义。
三、可能的法律后果与建议
如果事业单位设定了三年试用期，这一做法可能面临法律风险。员工有权向相关部门投诉或提起劳动仲裁，要求确认试用期无效并主张相应的权益。对于事业单位而言，应严格遵守相关法律法规和规章制度，合理设定试用期长度，避免不必要的法律纠纷。
具体建议：
事业单位：在设定试用期时，应仔细审查相关法律法规和规章制度，确保试用期的长度符合法定要求。同时，应加强与员工的沟通，明确试用期的目的和考核标准，确保试用期的合理性和有效性。
员工：如果发现事业单位设定的试用期过长或存在其他违法行为，应及时向相关部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。
综上所述，事业单位试用期三年一般是不合法的。事业单位应严格遵守相关法律法规和规章制度，合理设定试用期长度，以保障双方权益和维护单位稳定运营。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。