结论：员工在劳动仲裁中使用劳动合同复印件，其有效性取决于多种因素，在特定条件下复印件具有法律效力，但相较于原件存在局限性。为确保权益，建议尽量保留并优先使用劳动合同原件。以下是对此问题的详细分析：
一、劳动合同复印件在劳动仲裁中的有效性
作为辅助证据：
- 在劳动纠纷中，若原件无法提供（如丢失、被对方持有而拒不提供），复印件可结合其他相关证据（如银行工资发放记录、工作证、考勤记录、同事证言等）形成完整的证据链，作为证明双方劳动关系及具体权利义务约定的辅助证据。此时，若复印件与其他证据相互印证，且对方当事人未对其真实性提出有效异议，仲裁机构可能予以采信。
对方认可时：
- 若用人单位对复印件内容无异议，或通过书面确认、庭审自认等方式认可其真实性，则复印件可作为有效证据使用。
特定程序要求下的例外：
- 部分行政备案或初步审查环节可能接受复印件作为形式材料，但最终在劳动争议仲裁或诉讼等正式法律程序中，仍需核对原件。
二、劳动合同复印件在劳动仲裁中的局限性
直接证明力有限：
- 根据相关法律法规，无法与原件核对的复制件不能单独作为认定案件事实的依据。因此，仅凭劳动合同复印件而无其他佐证，其证明力较弱，可能不足以支持主张。
易被篡改或伪造：
- 复印件容易被篡改或伪造，其真实性难以直接确认。因此，在对方当事人对复印件真实性提出异议，且无法通过其他方式证实的情况下，该复印件可能不会被采纳为有效证据。
特定程序要求原件：
- 在劳动争议仲裁、诉讼等正式法律程序中，通常要求提供原件进行质证。若无法提供原件，可能会影响证据的采信和案件的审理结果。
三、实际操作建议
优先保留原件：
- 为避免在劳动争议中因证据不足而处于不利地位，劳动者应妥善保管劳动合同的原件。
复印并加盖公章：
- 若不慎遗失原件，可向用人单位申请复印一份并加盖公章，以增强其法律效力。但需注意，即使如此，复印件的法律效力仍可能低于原件。
积极收集辅助证据：
- 尽量收集其他与劳动合同相关的证据，如工资单、工作成果记录、社保缴纳记录等，以形成完整的证据链，增强复印件的证明效力。
详细说明原件缺失原因：
- 若因合理原因（如原件被用人单位扣押）无法提供原件，劳动者应向仲裁庭详细说明情况，并提供相关证据支持其主张。
四、法律依据
- 《中华人民共和国劳动合同法》第十六条：劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。该条款强调了劳动合同原件的重要性。
- 《中华人民共和国民事诉讼法》第七十条：书证应当提交原件。提交原件或者原物确有困难的，可以提交复制品、照片、副本、节录本。此条款明确了复印件的补充性地位。
示例说明：假设劳动者小张因工资问题与用人单位发生劳动争议，并申请劳动仲裁。小张手中只有劳动合同的复印件，但他能提供银行工资发放记录、工作证、考勤记录等辅助证据，且用人单位对复印件内容无异议。在这种情况下，仲裁机构可能会采信小张提供的劳动合同复印件作为证据。
总结与建议：劳动合同复印件在劳动仲裁中虽可作为证据提交，但劳动者需充分了解其局限性和风险，并采取相应措施增强其证明力。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。