关于肇事逃逸后法院是否会判保险公司赔偿商业保险的问题，这确实是一个涉及多方面因素的复杂议题。以下是我为您提供的详细分析：
一、交强险与商业险的区别
首先，需要明确的是交强险和商业险在赔偿原则上的不同。交强险是法律强制要求购买的险种，具有社会公益性质，旨在保障交通事故受害人获得基本赔偿。因此，在肇事逃逸的情况下，交强险通常会在一定范围内对第三方损失进行赔付。而商业险，包括商业三者险和车辆损失险等，其赔偿则依据具体的保险合同条款来确定。
二、商业险的赔偿情况
合同约定：
- 在商业车险合同中，保险公司通常会将“交通肇事逃逸”列入免责条款。这意味着，如果合同条款里明确规定了肇事逃逸作为免责情形，并且保险公司已经按照法律规定向投保人履行了提示和明确说明义务，那么在发生肇事逃逸的情况下，保险公司有权拒绝在商业险范围内进行赔偿。
法律规定：
- 根据《中华人民共和国保险法》，保险公司对于免除其责任的条款，必须在投保单、保险单或其他保险凭证上作出足以引起投保人注意的提示，并对该条款的内容以书面或口头形式向投保人作出明确说明。如果保险公司不能证明其已经履行了上述义务，那么即便合同中有该免责条款，也不能约束投保人，保险公司仍需在商业险范围内进行赔偿。
司法实践：
- 在司法实践中，各地法院对于肇事逃逸商业险是否赔偿的判决可能存在差异。有些法院会严格按照保险合同约定判决，而有些法院则会综合考虑案件的具体情况，如逃逸行为与事故发生及损失扩大之间的因果关系等，来作出判决。
三、具体建议
仔细阅读合同条款：
- 作为车主，在购买车险时，应仔细阅读合同条款，特别是免责条款部分。了解清楚各项保险的保障范围和免责事由，以便在需要时能够做出正确的应对。
及时报警处理：
- 发生交通事故后，应及时报警并积极配合处理。避免因逃逸等行为给自己带来不必要的麻烦和损失。同时，及时报警也有助于保护现场证据，为后续的保险理赔和法律诉讼提供有力支持。
法律咨询：
- 在涉及复杂的保险赔偿问题时，建议咨询专业律师。律师可以根据您的具体情况和当地法律法规，为您提供专业的法律意见和帮助，确保您的权益得到妥善维护。
综上所述，肇事逃逸后保险公司的商业险通常不予赔偿，但具体赔偿情况还需依据保险合同的约定、相关法律法规以及案件的具体情况来判断。因此，作为车主，应充分了解自己的保险权益和义务，并在发生交通事故后及时采取措施以减少损失和风险。