针对您提出的“企业车辆肇事，司机被判逃逸，保险是否理赔”的问题，这确实是一个涉及交强险与商业险不同处理方式的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：

一、交强险的理赔情况

1. 理赔原则： 根据《机动车交通事故责任强制保险条例》的规定，被保险机动车发生道路交通事故，只要不是受害人故意制造交通事故，保险公司就应当在机动车交通事故责任强制保险责任限额范围内对受害人的人身伤亡和财产损失进行赔偿。肇事逃逸并不属于交强险的免责情形，因此，在司机被判逃逸的情况下，交强险仍然会进行理赔。

2. 追偿权利： 虽然交强险会进行理赔，但保险公司在对受害人进行赔偿后，有权向肇事逃逸的侵权人（即司机或企业，视具体情况而定）进行追偿。这意味着，虽然交强险先行赔付，但最终的责任仍需由肇事者承担。

二、商业险的理赔情况

1. 免责条款： 在商业车险的合同条款中，通常会明确将“交通肇事后逃逸”列为免责情形。这是因为肇事逃逸行为严重违反了法律法规和道德准则，增加了保险公司的风险和不确定性。因此，当发生肇事逃逸时，保险公司可以依据合同条款拒绝承担赔偿责任。

2. 合同差异与特殊情况： 需要注意的是，不同保险公司的商业险条款可能会存在一定差异。有些情况下，可能还会涉及法律争议和司法裁判结果的影响。例如，如果保险公司在订立合同时，没有按照法律规定对免责条款进行充分的提示和明确说明，那么该免责条款可能不产生法律效力，保险公司仍需承担赔偿责任。但这种情况相对较少，且需要具体的法律判断。

三、综合建议

1. 遵守交通法规： 强烈建议所有车主和驾驶人遵守交通法规，避免酒后驾车、疲劳驾驶及肇事逃逸等行为。这些行为不仅违法，而且严重危害公共安全，一旦发生事故，将面临严重的法律后果。

2. 仔细阅读保险合同： 在购买保险时，应仔细阅读合同条款，了解保险责任和免责范围。特别是对于商业险中的免责条款，要确保自己充分理解并接受。

3. 及时咨询专业律师： 如果遇到肇事逃逸及保险理赔相关纠纷，建议及时咨询专业律师以维护自身合法权益。律师可以根据具体情况提供法律意见和帮助，确保您的权益得到最大程度的保障。

综上所述，企业车辆肇事且司机被判逃逸的情况下，交强险通常会进行理赔但保险公司保留追偿权；而商业险则可能因免责条款拒绝赔偿。因此，驾驶人和企业应严格遵守交通法规，避免肇事逃逸等违法行为的发生。