核心结论：若甲方代发农民工工资但未代扣代缴个人所得税，农民工需自行申报纳税，同时可要求甲方补扣补缴；若甲方拒绝，可向税务机关举报或通过法律途径解决。以下是具体分析：

1. 法律义务：甲方有代扣代缴个税的法定义务

根据《个人所得税法》第九条及《税收征收管理法》第三十条，支付工资的单位（甲方）是个人所得税的法定扣缴义务人，必须按月或按次预扣预缴税款，并在次月15日内向税务机关申报缴纳。若甲方未履行代扣代缴义务，属于违法行为，可能面临税务机关的处罚（如罚款、滞纳金等）。

2. 农民工的权利与应对措施

• 自行申报纳税：若甲方未代扣代缴，农民工需在次年3月1日至6月30日内，通过个人所得税APP或前往税务机关办理综合所得年度汇算清缴，自行申报工资收入并补缴税款。逾期未申报可能产生滞纳金（每日万分之五）。
• 要求甲方补扣补缴：农民工可要求甲方补扣工资中的个税部分，并补缴至税务机关。若甲方拒绝，可保留工资条、银行流水等证据，向税务机关举报（拨打12366或通过电子税务局投诉）。
• 法律追责：若甲方行为导致农民工被税务机关追缴税款或罚款，农民工可依据《民法典》第1165条，以甲方未履行法定义务为由，要求其赔偿损失（如滞纳金、信用损失等）。

3. 甲方的法律风险

• 行政处罚：税务机关可对甲方处以未扣缴税款50%至3倍的罚款（《税收征收管理法》第六十九条）。
• 刑事责任：若甲方通过不代扣代缴方式逃避税款数额较大（如超过10万元），可能构成《刑法》第二百零一条的逃税罪，需承担刑事责任。

4. 实务建议

• 农民工：保留工资发放记录、劳动合同等证据，优先通过税务机关举报解决；若涉及金额较大或甲方态度恶劣，可向法院起诉要求赔偿。
• 甲方：立即补扣补缴税款，主动向税务机关说明情况并配合调查，以减轻处罚；完善内部财务制度，避免再次出现类似问题。

提示：个税问题涉及个人信用和法律责任，建议优先通过税务机关处理。若需进一步协助，可直接向我咨询具体操作流程或证据收集方法。