结论：乙方在做账时不可以不报个税，无论工资是由甲方代付还是乙方直接支付，都应依法申报并缴纳个人所得税。
分析说明：
个人所得税的纳税义务：
- 根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，个人因任职或者受雇而取得的工资、薪金所得，应缴纳个人所得税。这是法律对纳税义务的明确规定，不因支付方式（甲方代付或乙方直接支付）的改变而改变。
甲方代付工资的性质：
- 甲方代乙方支付农民工工资，本质上仍然是乙方对农民工的工资支付义务，只是支付方式上由甲方代为执行。这种代付行为并不改变工资的性质，也不免除乙方作为工资支付方的纳税义务。
做账与报税的关系：
- 乙方在做账时，必须真实、准确地记录所有经济业务，包括工资支付情况。报税是基于做账记录进行的，如果做账时不报个税，就构成了虚假记账和偷税漏税行为，这是违法的。
法律后果：
- 如果乙方在做账时不报个税，一旦被税务机关查实，将面临补缴税款、加收滞纳金、罚款等法律后果。情节严重的，还可能构成犯罪，被追究刑事责任。
建议与行动：
- 依法申报纳税：乙方应严格按照税法规定，对农民工工资进行个人所得税的申报和缴纳。无论工资是由甲方代付还是乙方直接支付，都应确保税款的及时、足额缴纳。
- 完善做账流程：乙方应建立完善的做账流程，确保所有经济业务都得到真实、准确的记录。在记录工资支付情况时，应明确标注个人所得税的申报和缴纳情况。
- 加强税务合规意识：乙方应加强对税务合规的学习和了解，提高税务合规意识。可以定期组织税务培训或咨询专业税务机构，以确保企业的税务合规性。
特殊情况说明：
- 如果甲方代付工资时已经扣除了个人所得税，并且提供了相应的完税证明，乙方在做账时仍需记录这一情况，但无需再次申报和缴纳个人所得税。不过，乙方应确保甲方确实已经履行了扣税义务，并保留好相关完税证明以备查验。
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