结论：甲方在合同中约定劳务费由乙方自行交个税，但在付款时仍负有代扣代缴的法定义务，不可以仅因合同约定就不代扣代缴。不过，若乙方能提供完税证明，甲方则无需重复代扣代缴。
分析说明：
代扣代缴义务的法定性：
- 根据《中华人民共和国个人所得税法》的相关规定，支付所得的单位或者个人（即甲方）为个人所得税的扣缴义务人，负有代扣代缴个人所得税的法定义务。这一义务是法定的，不因合同双方的约定而免除。
合同约定的效力：
- 虽然合同中可以约定由乙方自行缴纳个人所得税，但这种约定并不能改变甲方作为扣缴义务人的法律地位。合同约定不能违反法律的强制性规定，否则该约定无效。
实际操作中的处理：
- 在实际操作中，如果甲方和乙方在合同中约定了由乙方自行缴纳个人所得税，并且乙方能够提供相应的完税证明，那么甲方在付款时可以不再代扣代缴个人所得税。这是因为乙方已经履行了其纳税义务，甲方无需重复代扣代缴。
- 如果乙方无法提供完税证明，或者甲方对乙方的纳税情况存在疑问，那么甲方仍有义务按照法律规定代扣代缴个人所得税，以避免可能的税务风险和法律责任。
法律后果与风险提示：
- 如果甲方未按照法律规定代扣代缴个人所得税，可能会面临税务机关的处罚，包括罚款、滞纳金等。同时，甲方还可能因未履行代扣代缴义务而承担相应的法律责任。
- 对于乙方而言，如果其未按照法律规定缴纳个人所得税，同样会面临税务机关的处罚，并可能影响其个人信用记录。
建议与行动指南：
- 对于甲方：在签订合同时，应明确约定个人所得税的缴纳方式，并确保合同内容符合法律规定。在付款时，应要求乙方提供完税证明或自行核实乙方的纳税情况，以避免可能的税务风险和法律责任。
- 对于乙方：应按照法律规定缴纳个人所得税，并保留好完税证明等相关文件。在签订合同时，应仔细阅读合同条款，确保自己的权益得到保障。
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