学校因为迟到两分钟扣全勤是否合法，需分情况讨论：

1. 若学校规章制度或劳动合同中有明确规定：

   • 合法性分析：根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关劳动法规，用人单位（包括学校，若其与员工存在劳动关系）有权制定规章制度来管理员工，但这些规章制度必须合法、合理且经过民主程序制定，并公示或告知员工。如果学校的规章制度中明确规定了迟到两分钟将扣除全勤奖，且该规定不违反法律法规的强制性规定，同时员工在入职时已知晓并同意该规定，那么学校扣除全勤奖的行为可能是合法的。
   • 建议：员工应仔细审查学校的规章制度或劳动合同，确认是否有此类规定，并了解该规定的制定程序和公示情况。如果认为规定不合理或未经过合法程序制定，可以与学校协商或向劳动监察部门投诉。

2. 若学校规章制度或劳动合同中无明确规定：

   • 合法性分析：如果学校的规章制度或劳动合同中没有明确规定迟到两分钟将扣除全勤奖，那么学校单方面扣除全勤奖的行为可能缺乏法律依据，构成违法。因为全勤奖通常是对员工全勤工作的奖励，而非对迟到等轻微违纪行为的惩罚。
   • 建议：员工可以与学校沟通，要求学校提供扣除全勤奖的合法依据。如果学校无法提供，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

3. 从合理性角度分析：

   • 合理性考量：即使学校的规章制度或劳动合同中有规定迟到将扣除全勤奖，但迟到两分钟是否构成扣除全勤奖的合理理由，也需根据具体情况判断。例如，如果迟到是由于不可抗力因素（如交通堵塞、突发疾病等）导致的，且员工及时通知了学校，那么扣除全勤奖可能显得过于严苛。
   • 建议：员工在遇到此类情况时，可以与学校沟通解释迟到原因，并尝试协商解决。如果学校坚持扣除全勤奖，员工可以考虑是否接受该结果或采取进一步法律行动。

额外提醒：

• 员工在入职时应仔细阅读学校的规章制度和劳动合同，了解自己的权利和义务。
• 如果对学校的规章制度或劳动合同有疑问或不满，应及时与学校沟通或寻求法律帮助。
• 在维护自己合法权益的同时，也应尊重学校的合理管理规定，共同营造良好的工作环境。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。