结论：公司规定“迟到2小时扣三天工资、400全勤”的做法不合法，该规定因违反劳动法强制性规定而无效，员工有权要求公司补发被扣工资并维护全勤奖权益。以下从法律角度详细分析：

一、工资扣除的合法性边界

根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位仅在劳动者因本人原因造成经济损失且需赔偿时，方可按劳动合同约定扣除工资，且每月扣除部分不得超过当月工资的20%。具体到本案：

1. 迟到行为与经济损失的关联性：迟到2小时属于轻微违纪，通常不会直接导致公司经济损失（如未造成订单取消、设备损坏等），公司主张“扣三天工资”缺乏事实依据。
2. 扣除比例的合法性：假设员工月工资为5000元，按20%上限仅可扣除1000元，而“扣三天工资”可能远超该比例（如日工资200元则扣除600元），明显违法。

例外情形：若劳动合同或规章制度明确约定“迟到满X小时视为旷工一天”，且旷工一天扣当日工资，则可能部分合法。但本案中“扣三天工资”仍超出合理范围，属于违法。

二、全勤奖的发放条件

全勤奖的设立目的是鼓励员工全勤，其发放条件应合理且明确。若公司规章制度规定“迟到即取消全勤奖”，需满足以下条件：

1. 规章制度经民主程序制定：需经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表协商确定；
2. 内容不违反法律强制性规定：如“迟到2小时扣全勤400元”属于变相罚款，违反《劳动合同法》第二十五条（除法定情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金或罚款）；
3. 已向员工公示或告知：需通过培训、签字确认等方式确保员工知悉。

本案分析：若公司未满足上述条件，则“扣全勤奖”的规定无效，员工有权要求补发。

三、员工的维权路径

1. 与公司协商：可要求公司出示规章制度依据，并指出其违法性，要求补发工资及全勤；
2. 向劳动监察部门投诉：若协商无果，可向当地劳动保障监察大队举报，要求公司整改并补发；
3. 申请劳动仲裁：若投诉未果，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张公司支付被扣工资及全勤，并可能要求赔偿金（如公司恶意克扣）。

四、风险提示

1. 公司可能主张的抗辩：公司可能以“员工严重违反规章制度”为由解除劳动合同，但需证明：
   • 规章制度合法有效（经民主程序制定、公示或告知）；
   • 员工行为达到“严重”程度（如多次迟到、旷工等）；
   • 解除程序合法（提前通知工会、听取员工申辩等）。
2. 员工的应对策略：若公司以此威胁，员工可要求公司出具书面解除通知，并保留证据（如考勤记录、工资条、规章制度等），以便后续维权。

建议：若您遇到此类情况，可先与公司沟通，要求出示规章制度依据；若公司拒绝，可向劳动监察部门投诉或申请仲裁。如有进一步疑问，可直接向我咨询。