综合工时制并非单纯根据实际出勤来计算，而是以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。以下是对这一问题的详细解释：
一、综合工时制的定义与特点
综合工时制，即综合计算工时工作制，是指用人单位因生产特点不能分别计算周、月、季、年等工作时间的，经劳动行政部门批准，可以实行以周、月、季或年等为周期，综合计算工作时间的一种工时制度。其核心特点在于“综合计算”，即在一个计算周期内，劳动者的工作时间可能超过标准工作时间，但在整个周期内，平均工作时间应与法定标准工作时间相符。
二、综合工时制与实际出勤的关系
并非单纯依据实际出勤：
- 综合工时制并不单纯以劳动者每天的实际出勤时间来计算工资或工作时间。它考虑的是在一个综合计算周期内（如周、月、季、年）的总工作时间。
- 在这个周期内，劳动者可能因工作需要而加班，也可能因休息或调休而减少工作时间。但只要整个周期内的平均工作时间不超过法定标准，就不视为违反工时制度。
实际出勤是计算基础之一：
- 尽管综合工时制不是单纯依据实际出勤，但实际出勤时间仍然是计算总工作时间的基础。用人单位需要记录劳动者的实际出勤情况，以便在综合计算周期结束时进行汇总和核算。
- 如果劳动者在综合计算周期内的实际工作时间超过了法定标准工作时间，用人单位需要按照法律规定支付加班费或安排补休。
三、综合工时制的适用条件与审批程序
适用条件：
- 综合工时制主要适用于因生产特点不能分别计算周、月、季、年等工作时间的行业或岗位，如交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业，以及地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工。
审批程序：
- 用人单位需要向当地劳动行政部门提出申请，并提交相关材料证明其符合实行综合工时制的条件。
- 劳动行政部门在审核用人单位的申请材料后，会作出是否批准的决定。未经批准，用人单位不得擅自实行综合工时制。
四、法律建议与风险提示
法律建议：
- 用人单位在实行综合工时制时，应严格按照法律规定进行审批和记录劳动者的实际出勤情况。
- 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，了解用人单位是否实行综合工时制以及具体的计算方式和周期。
风险提示：
- 如果用人单位未经批准擅自实行综合工时制或违反法律规定计算工作时间和支付加班费，可能面临劳动行政部门的处罚和劳动者的维权诉讼。
- 劳动者在发现用人单位违反工时制度时，应及时向劳动行政部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
总结来说，综合工时制并非单纯根据实际出勤来计算工作时间和工资，而是以一个综合计算周期为基准进行核算。用人单位和劳动者都应了解并遵守相关法律规定，以确保劳动关系的和谐稳定。如果您在综合工时制方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。