合同中约定了仲裁条款，当事人仍然可以在特定情况下提出异议。具体来说，可以从以下几个角度来分析：

1. 对仲裁协议效力的异议：

   • 根据《中华人民共和国仲裁法》第二十条：“当事人对仲裁协议的效力有异议的，可以请求仲裁委员会作出决定或者请求人民法院作出裁定。一方请求仲裁委员会作出决定，另一方请求人民法院作出裁定的，由人民法院裁定。” 这意味着，如果当事人对仲裁协议的效力存在疑问，比如认为仲裁协议无效或不存在，他们可以向仲裁委员会或人民法院提出异议。
   • 异议提出的时间：当事人对仲裁协议的效力有异议，应当在仲裁庭首次开庭前提出。如果未在规定时间内提出，则视为接受仲裁管辖。

2. 对仲裁程序或仲裁员选定的异议：

   • 在仲裁过程中，如果当事人认为仲裁程序违反了法定程序，或者对仲裁员的选定有异议，他们也可以提出。例如，如果仲裁员与案件有利害关系，可能影响公正裁决，当事人可以提出回避申请。
   • 异议的处理：对于这类异议，仲裁庭通常会根据仲裁规则进行审查，并作出相应的决定。如果当事人对仲裁庭的决定不服，还可以根据仲裁规则或相关法律规定，向人民法院申请撤销仲裁裁决。

3. 对仲裁裁决的异议：

   • 仲裁裁决作出后，如果当事人认为裁决存在法定撤销情形，如没有仲裁协议、裁决事项不属于仲裁协议范围、仲裁庭组成或程序违法等，他们可以向人民法院申请撤销仲裁裁决。
   • 申请撤销的期限：当事人申请撤销裁决的，应当自收到裁决书之日起六个月内提出。

法律建议：

• 在签订合同时，如果双方约定了仲裁条款，应确保该条款明确、具体，并符合相关法律规定，以减少后续争议。
• 如果在仲裁过程中遇到问题或对仲裁裁决有异议，应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可行的救济途径。
• 提出异议时，应确保异议内容具体、明确，并提供相关证据支持自己的主张。

可能后果：

• 如果异议成立，仲裁协议可能被认定为无效，或者仲裁程序可能被中止或撤销，案件可能转由人民法院审理。
• 如果异议不成立，仲裁程序将继续进行，当事人需要遵守仲裁裁决或承担相应的法律责任。

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