公司因员工迟到扣工资，需要提供合法、合理且充分的证明材料，主要包括考勤记录、规章制度依据以及扣款计算方式说明。具体分析如下：

1. 考勤记录：这是最直接且关键的证据。公司需提供员工迟到的具体时间、日期以及迟到次数的记录。这些记录应当真实、准确，并且最好是通过电子考勤系统（如指纹打卡、人脸识别、门禁系统等）或书面考勤表等形式进行记录，以确保其客观性和可信度。如果考勤记录存在瑕疵或争议，公司可能需要进一步提供其他证据来佐证员工的迟到行为。

2. 规章制度依据：公司扣工资的行为必须基于合法有效的规章制度。这些规章制度应当明确规定迟到的定义、迟到多少次或迟到多长时间将构成违纪行为，以及相应的处罚措施（包括扣工资的具体标准）。规章制度在制定过程中应当经过民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论），并且已经向员工进行了公示或告知，以确保员工对其内容有所了解并接受。

3. 扣款计算方式说明：公司还需要提供扣工资的具体计算方式说明。这包括扣款的基数（如基本工资、岗位工资等）、扣款的比例或金额，以及扣款是否已经考虑了员工的实际出勤情况等因素。扣款计算方式应当合理且透明，避免出现不公平或歧义的扣款情况。

额外提醒：

• 如果公司无法提供上述证明材料，或者提供的证明材料存在瑕疵或争议，那么其扣工资的行为可能会被视为违法或不合理，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁来维护自己的合法权益。
• 公司在制定和执行规章制度时，应当遵循合法、合理、公平、透明的原则，确保员工的合法权益得到充分保障。

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