结论：回购条款中可以约定由目标公司回购股权，但需满足一定条件并遵循相关法律规定。以下是对此问题的详细分析：
一、法律背景与规定
《公司法》的相关规定：
- 根据《公司法》第七十四条，有下列情形之一的，对股东会该项决议投反对票的股东可以请求公司按照合理的价格收购其股权：
- 公司连续五年不向股东分配利润，而公司该五年连续盈利，并且符合本法规定的分配利润条件的；
- 公司合并、分立、转让主要财产的；
- 公司章程规定的营业期限届满或者章程规定的其他解散事由出现，股东会会议通过决议修改章程使公司存续的。
- 这一条款规定了特定情形下股东可以请求公司回购其股权的权利，但并未直接禁止或允许在回购条款中约定由目标公司回购股权。
回购条款的合法性：
- 回购条款本身并不违法，只要其内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不损害公司、其他股东或债权人的利益，就是有效的。
- 在实践中，许多公司会在章程或股东协议中约定回购条款，以作为股东退出机制或激励措施的一部分。
二、回购条款的约定与限制
回购条件的约定：
- 回购条款可以约定在特定条件下（如股东离职、违反竞业禁止义务、未达到业绩目标等）由目标公司回购股东的股权。
- 回购条件应当明确、具体，且不得违反法律、行政法规的强制性规定。
回购价格的确定：
- 回购价格应当合理，通常可以约定为股权的市场价值、评估价值或双方协商确定的价值。
- 回购价格的确定方式也应当在回购条款中明确约定，以避免后续争议。
回购资金的来源：
- 回购资金可以来自公司的自有资金、资本公积、盈余公积等。
- 但需注意，如果回购资金来源于公司的资本公积或盈余公积，可能会影响公司的财务状况和偿债能力，因此需要谨慎考虑。
对公司的影响：
- 回购股权可能会减少公司的注册资本，影响公司的财务状况和偿债能力。
- 因此，在约定回购条款时，需要考虑回购对公司的影响，并确保回购不会损害公司、其他股东或债权人的利益。
三、实践中的注意事项
避免违法减资：
- 如果回购导致公司注册资本减少，需要按照《公司法》的规定进行减资程序，包括通知债权人、公告等。
- 未经法定程序减资的，可能会面临法律风险和行政处罚。
保护其他股东和债权人的利益：
- 回购条款应当确保不会损害其他股东和债权人的利益。
- 例如，可以约定在回购前需要获得其他股东的同意或满足一定的条件。
明确违约责任：
- 在回购条款中明确约定违约责任，以约束双方的行为并保障条款的履行。
四、建议
在制定回购条款时，建议咨询专业律师：
- 专业律师可以根据公司的具体情况和需求，制定合法、有效的回购条款。
- 同时，律师还可以对回购条款进行法律审查，确保其不违反法律、行政法规的强制性规定。
关注回购条款的履行情况：
- 在回购条款履行过程中，需要关注公司的财务状况和偿债能力，确保回购不会对公司造成不利影响。
- 同时，还需要关注其他股东和债权人的利益是否受到损害，并及时采取措施进行保护。
如果您在回购条款的制定或履行过程中遇到任何问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。