员工因开发票领取佣金，发票被查时责任承担问题需分情况讨论，具体责任取决于发票的合法性、员工的主观意图及行为性质。以下从不同角度展开分析：

1. 发票合法且业务真实：员工一般无需担责

• 若员工开具的发票符合税法规定（如真实交易、合法凭证、税率正确等），且佣金支付与业务实际发生一致，即使税务机关核查，员工通常不承担法律责任。
• 例外情形：若公司存在偷逃税等违法行为，员工作为经办人可能被要求配合调查，但若无主观故意或重大过失，一般不直接担责。

2. 发票不合法或业务虚假：员工可能面临多重责任

• 行政责任：
  • 若员工参与虚开发票（如无真实交易、伪造凭证等），可能被税务机关处以罚款（如虚开金额1倍以下的罚款）、没收违法所得，甚至被列入税收违法“黑名单”。
  • 若公司因虚开发票被处罚，员工作为直接责任人可能被要求补缴税款、滞纳金，并承担连带责任。
• 刑事责任：
  • 根据《刑法》第205条，虚开发票情节严重的（如虚开税款数额较大、造成国家税款损失等），可能构成“虚开发票罪”，员工可能面临2年以下有期徒刑、拘役或管制，并处罚金；情节特别严重的，处2-7年有期徒刑，并处罚金。
  • 若员工与他人共谋虚开发票，还可能构成共同犯罪，需承担更重的刑事责任。
• 民事责任：
  • 若因虚开发票导致公司或第三方遭受损失（如合同无效、赔偿请求等），员工可能需根据过错程度承担部分或全部赔偿责任。

3. 员工主观意图的影响

• 故意违法：若员工明知发票不合法仍参与虚开，或主动伪造、变造发票，责任最重，可能同时承担行政、刑事和民事责任。
• 过失行为：若员工因疏忽（如未审核发票真实性、未留存业务凭证等）导致发票被查，责任相对较轻，但仍可能被要求补缴税款或承担行政处罚。
• 被胁迫或不知情：若员工能证明自己是被胁迫参与或完全不知情（如公司财务隐瞒真相），可能减轻或免除责任，但需提供充分证据（如聊天记录、证人证言等）。

4. 公司责任与员工责任的区分

• 公司作为发票的接收方和佣金支付方，通常需承担主要责任（如补缴税款、罚款等）。
• 但若员工是发票的直接开具者或业务经办人，且存在故意或重大过失，可能被认定为“直接责任人员”，与公司承担连带责任。

建议行动

1. 立即自查：若发票已被查，员工应第一时间整理相关业务凭证（如合同、付款记录、物流单据等），证明交易真实性。
2. 配合调查：如实向税务机关说明情况，避免隐瞒或伪造证据，否则可能加重责任。
3. 咨询专业律师：根据案件具体情况，律师可协助分析责任范围、制定应对策略，并在必要时代表员工与税务机关或司法机关沟通。

如有进一步疑问或需具体法律帮助，可直接向我咨询，我将结合案件细节为您提供详细解答。