在建设工程合同中，开工令的签发通常在预付款支付之后，但具体顺序需依据合同条款确定。以下是对此问题的详细分析：

一、合同条款的约定

1. 合同优先原则：在建设工程领域，合同是双方权利义务的基础。因此，开工令和预付款的支付顺序，首先应依据合同中的具体约定。如果合同中明确规定了开工令的签发时间在预付款支付之后，或者反之，那么双方应严格按照合同执行。

2. 常见条款设置：在实际操作中，许多建设工程合同会约定，在承包人提交了预付款保函或提供了其他担保措施后，发包人应支付预付款。随后，在发包人确认承包人已做好开工准备，并签发开工令后，工程正式开工。这种设置既保障了发包人的资金安全，也确保了承包人能够按时获得启动资金，从而顺利开展工作。

二、行业惯例与实际操作

1. 行业惯例：在建设工程行业，虽然合同条款是首要依据，但行业惯例也起着重要作用。通常，发包人会先支付预付款，以支持承包人进行前期准备工作，如采购材料、租赁设备等。随后，在确认承包人已做好开工准备后，发包人会签发开工令。

2. 实际操作中的灵活性：然而，在实际操作中，由于各种因素的影响，如资金筹措、审批流程等，开工令和预付款的支付顺序可能会有所调整。这时，双方应通过友好协商，达成一致意见，并签订补充协议或变更合同条款，以明确新的支付顺序和开工时间。

三、法律风险与防范

1. 法律风险：如果开工令和预付款的支付顺序不符合合同约定或行业惯例，可能会引发法律纠纷。例如，如果发包人未按时支付预付款，承包人可能会以发包人违约为由，要求解除合同或索赔损失。反之，如果承包人未按时获得开工令，也可能会以发包人违约为由，提出类似要求。

2. 风险防范：为避免法律纠纷，双方应在合同中明确约定开工令和预付款的支付顺序、时间节点以及违约责任等条款。同时，在合同履行过程中，双方应密切关注合同执行情况，及时沟通协商，确保合同顺利履行。

四、特殊情况下的处理

1. 紧急情况：在某些紧急情况下，如自然灾害、突发事件等，为了尽快启动工程以应对紧急情况，双方可能会协商调整开工令和预付款的支付顺序。这时，双方应签订紧急协议或补充协议，明确新的支付顺序和开工时间，并确保协议内容合法有效。

2. 政府投资项目：对于政府投资项目，由于涉及公共利益和财政资金的使用，开工令和预付款的支付顺序可能受到更严格的监管和审批。这时，双方应遵守相关法律法规和政策规定，确保合同履行符合法律要求。

总结与建议：在建设工程合同中，开工令的签发通常在预付款支付之后，但具体顺序需依据合同条款确定。为避免法律纠纷和确保合同顺利履行，双方应在合同中明确约定相关条款，并在合同履行过程中密切关注执行情况。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。