结论：规章制度中约定离职时可以扣除预支年休假工资，这一做法的合法性并非绝对，而是取决于多个因素，包括规章制度的制定程序、内容合法性以及是否与劳动合同、集体合同相冲突等。

分析：

1. 规章制度的合法性：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
   • 若规章制度中关于扣除预支年休假工资的条款未经上述程序制定，或者内容违反法律、行政法规及政策规定，那么该条款可能被视为无效。

2. 劳动合同与集体合同的约定：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十二条，企业职工一方与用人单位可以订立劳动安全卫生、保险福利、工资调整机制等专项集体合同。
   • 若劳动合同或集体合同中已有关于年休假工资支付的明确约定，且该约定与规章制度中的条款相冲突，那么应优先适用劳动合同或集体合同的约定。

3. 预支年休假的性质：

   • 预支年休假通常被视为劳动者提前享受其应享有的年休假权利。若劳动者在离职前已预支了年休假，但未提供相应劳动，用人单位是否有权扣除相应工资，需根据具体情况判断。
   • 若规章制度中明确规定了预支年休假的条件、程序及离职时的处理方式，且该规定合法有效，那么用人单位在劳动者离职时扣除预支年休假工资可能是合法的。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 用人单位在制定规章制度时，应确保条款的合法性和合理性，避免侵犯劳动者的合法权益。
   • 在扣除预支年休假工资前，用人单位应与劳动者进行充分沟通，解释扣除的原因和依据，确保劳动者的知情权。
   • 若劳动者对扣除预支年休假工资有异议，用人单位应提供相关证据证明扣除的合法性，如规章制度、劳动合同、集体合同等。

建议：

• 对于用人单位而言，在制定规章制度时，应严格遵守法律法规，确保条款的合法性和合理性。同时，应加强与劳动者的沟通，确保劳动者对规章制度的了解和认同。
• 对于劳动者而言，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，了解自己的权利和义务。若对规章制度中的条款有异议，应及时向用人单位提出，并寻求法律帮助以维护自己的合法权益。

可能后果：

• 若用人单位未经合法程序制定规章制度，或规章制度中的条款违反法律法规，那么该条款可能被视为无效，用人单位在离职时扣除预支年休假工资的行为可能构成违法。
• 若劳动者对扣除预支年休假工资有异议并提起劳动争议仲裁或诉讼，用人单位可能面临支付违法扣除的工资、赔偿金等法律责任。

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