结论：员工在职期间注册同行业的企业是否违法，需根据具体情况综合分析。若未违反竞业限制、忠实义务，且未侵犯商业秘密或进行职务犯罪，同时符合公司章程和法律规定，则一般不构成违法。但需特别注意特殊身份人员的限制及避免利益冲突。
详细分析：
法律允许性：
- 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，只要符合法律规定的设立条件，员工可以在职期间依法申请设立自己的公司。法律并未明确禁止在职员工注册公司，包括注册同行业的企业。
竞业限制与忠实义务：
- 竞业限制：若员工与现任职公司签订了竞业限制协议，并注册了与现任公司存在竞争关系的公司，则违反了竞业限制约定。公司有权要求员工停止违约行为，并可能要求支付违约金。
- 忠实义务：即使没有竞业限制协议，员工也应遵守忠实义务，不得从事损害公司利益的行为。注册竞争公司可能被视为损害公司利益，公司有权要求赔偿损失。
特殊身份人员的限制：
- 国企员工：若国企员工属于公务编制，通常不允许经商，包括注册同行业的企业。
- 公职人员：国家公务员、法官、检察官等公职人员被禁止从事商业活动，因此不能注册公司，无论是否同行业。
职务犯罪与商业秘密保护：
- 职务犯罪：员工利用职务之便，将现任职公司的财物非法占为己有用于自己的公司，可能构成职务犯罪，如职务侵占罪。这将面临相应的刑事处罚。
- 商业秘密保护：员工在注册或使用自己公司过程中，若侵犯了现任职公司的商业秘密，将承担法律责任，包括停止侵权行为和赔偿损失。情节严重的还可能面临刑事处罚。
公司章程与合同约定：
- 员工应确保其行为不违反与公司签订的劳动合同、员工手册及公司章程中的禁止性规定。这些规定可能包括对员工经商行为的限制或禁止。
建议与注意事项：
- 避免利益冲突：新成立的公司应避免与现任职公司存在直接的业务竞争关系，以维护双方利益。
- 合理分配时间与精力：员工应确保在职期间能够履行好本职工作，不影响所在单位的正常工作秩序。
- 咨询法律意见：在决定注册公司前，建议向我咨询，以确保行为合法合规，避免潜在的法律风险。
综上所述，员工在职期间注册同行业的企业需谨慎行事，确保遵守相关法律法规和公司规章制度，避免引发不必要的法律纠纷和不良后果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。