若国家机关工作人员作为妨害公务罪的受害者，其处理方式主要是依法维权，包括及时报案、配合调查、参与诉讼等；若国家机关工作人员自身涉嫌妨害公务罪，则将面临刑事追责，包括立案侦查、审查起诉、审判及刑罚执行等。具体分析如下：
一、国家机关工作人员作为妨害公务罪的受害者
及时报案：
- 国家机关工作人员在执行公务过程中，若遭遇妨害行为，应立即向公安机关报案，说明妨害公务的具体情况，包括时间、地点、妨害行为的方式、造成的后果等。
- 报案时，应提供相关证据，如现场照片、视频、证人证言等，以便公安机关及时立案侦查。
配合调查：
- 在公安机关立案后，国家机关工作人员应积极配合调查，如实陈述事实，提供必要的协助。
- 若需要，应接受公安机关的询问、辨认等调查措施，以协助查明案件事实。
参与诉讼：
- 在案件进入诉讼阶段后，国家机关工作人员可以作为被害人参与诉讼，提出自己的诉求和意见。
- 若需要，可以委托律师代理诉讼，以维护自己的合法权益。
寻求赔偿：
- 若妨害公务行为给国家机关工作人员造成了人身伤害或财产损失，可以依法向犯罪嫌疑人或被告人提出赔偿请求。
- 在刑事诉讼过程中，可以提起附带民事诉讼，要求犯罪嫌疑人或被告人赔偿经济损失。
二、国家机关工作人员涉嫌妨害公务罪
立案侦查：
- 若国家机关工作人员涉嫌妨害公务罪，公安机关将依法立案侦查，收集相关证据，查明案件事实。
- 在侦查过程中，公安机关有权对犯罪嫌疑人进行讯问、拘留、逮捕等强制措施。
审查起诉：
- 侦查终结后，公安机关将案件移送检察机关审查起诉。
- 检察机关将对案件进行全面审查，包括犯罪事实是否清楚、证据是否充分、犯罪性质是否准确等。
- 若认为符合起诉条件，检察机关将向人民法院提起公诉。
审判：
- 人民法院将对案件进行公开审理，听取控辩双方的意见和证据。
- 根据审理结果，人民法院将作出有罪或无罪的判决。
- 若判决有罪，将依法对犯罪嫌疑人或被告人判处刑罚。
刑罚执行：
- 若判决生效后，犯罪嫌疑人或被告人未上诉或抗诉，且判决确定有罪，则将进入刑罚执行阶段。
- 刑罚执行机关将根据判决结果对犯罪嫌疑人或被告人进行刑罚执行，如拘役、有期徒刑等。
特殊情形处理：
- 自首与立功：若国家机关工作人员在涉嫌妨害公务罪后主动投案自首或检举揭发他人犯罪行为经查证属实，可依法从轻或减轻处罚。
- 职务影响处理：若案件涉及国家机关工作人员的职务行为，相关部门将依法进行职务调查，并根据调查结果采取相应的纪律处分或行政处罚措施。