在行政诉讼案件中，若法院审理查明部分与本院认为部分相互矛盾，该判决并不直接等同于违法，但确实可能构成程序或实体上的瑕疵，影响判决的公正性和合法性。以下从几个角度进行详细分析：

1. 审理查明与本院认为部分的关系：

   • 审理查明：这是法院在行政诉讼中，对案件事实进行调查、核实后所确认的事实部分。它构成了法院作出判决的基础，是判决的客观依据。
   • 本院认为：这是法院在审理查明事实的基础上，根据相关法律法规，对案件性质、法律责任等作出的主观判断和结论。它是判决的核心部分，体现了法院的法律适用和裁判逻辑。

2. 矛盾可能带来的问题：

   • 程序瑕疵：如果审理查明与本院认为部分存在明显矛盾，可能反映出法院在审理过程中存在程序上的不严谨或疏忽，如事实认定不清、证据采信不当等。
   • 实体违法：在极端情况下，如果矛盾导致判决结果与法律法规相悖，或者侵犯了当事人的合法权益，那么该判决可能构成实体上的违法。

3. 法律后果与救济途径：

   • 上诉或申诉：当事人如果认为判决存在矛盾或违法情形，可以在法定期限内向上级法院提起上诉，或者向原审法院或上级法院提出申诉，请求撤销或改判原判决。
   • 再审程序：在特定情况下，如发现新证据、原判决适用法律确有错误等，当事人还可以申请再审，以纠正原判决中的错误。

4. 判断判决是否违法的标准：

   • 是否违反法律法规：判决是否违法，首先要看其是否违反了现行的法律法规。如果判决内容与法律法规相悖，那么该判决显然是违法的。
   • 是否侵犯合法权益：判决是否违法，还要看其是否侵犯了当事人的合法权益。如果判决导致当事人合法权益受损，且无法通过合法途径得到救济，那么该判决也可能构成违法。

5. 实践中的处理：

   • 法院自查自纠：在司法实践中，如果法院发现判决中存在矛盾或违法情形，通常会主动启动再审程序或采取其他补救措施，以纠正错误、维护司法公正。
   • 当事人监督：当事人作为诉讼的主体，也有权对判决进行监督。如果发现判决存在问题，可以及时向法院提出异议或申请再审。

建议：如果你遇到了行政诉讼案件中法院审理查明部分与本院认为部分相互矛盾的情况，建议你首先仔细审查判决内容，确认矛盾的具体表现和影响。然后，你可以根据上述分析，选择合适的救济途径，如上诉、申诉或申请再审等，以维护自己的合法权益。如果你在此过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见和帮助。