行政机关自立案之日起超过90日后作出行政处罚，并不直接等同于程序违法，但具体是否违法需结合相关法律法规及案件具体情况来判断。以下从不同角度进行详细分析：
一般情况下的处罚时效：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》的规定，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚。这里的“发现”指的是行政机关发现违法行为线索的时间，而非作出处罚决定的时间。因此，只要违法行为在二年内被发现，行政机关就有权依法进行处罚，不受90天期限的限制。
- 对于涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的违法行为，上述追诉时效期限延长至五年。这意味着，对于这类严重违法行为，行政机关有更长的时间进行调查和处罚。
特殊的案件办理期限规定：
- 部分法律法规针对特定领域行政处罚案件的办理规定了具体的期限。例如，《市场监督管理行政处罚程序规定》明确，市场监督管理部门办理普通程序案件，一般应当自立案之日起九十日内作出行政处罚决定。但这并不意味着超过90天就必然违法，因为该规定也允许在案件情况复杂或存在特殊情况时，经相关程序批准延长办案期限。
- 延长期限的具体规定因法规而异，可能包括延长三十日或更长时间，甚至由相关部门负责人集体讨论决定是否继续延期，并确定延长的合理期限。因此，即使超过90天，只要行政机关按照法定程序进行了延期申请并获得了批准，其作出的行政处罚决定仍然是合法的。
实际操作中的考虑因素：
- 除了法律规定的时效和办案期限外，实际操作中还需要考虑证据的保存和获取难度、违法行为的性质和严重程度等因素。这些因素可能影响行政机关是否决定进行处罚以及处罚的轻重。
- 如果证据确凿且违法行为严重危害社会公共利益，即使超过90天，行政机关也可能依法作出严厉的处罚决定。反之，如果证据不足或违法行为轻微，行政机关可能会选择不予处罚或从轻处罚。
法律建议：
- 对于行政机关而言，应严格按照法律法规规定的时效和办案期限进行行政处罚，确保程序的合法性和正当性。
- 对于当事人而言，如果认为行政机关的处罚决定存在程序违法或实体违法的情况，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果行政机关的处罚决定确实存在程序违法的情况，如未按照法定程序进行延期申请或未获得批准就擅自延长办案期限，那么该处罚决定可能会被撤销或确认违法。
- 反之，如果行政机关的处罚决定程序合法、实体正当，那么即使超过90天作出的处罚决定也是有效的，当事人应当接受并履行相应的法律义务。
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