行政处罚案件超过90日作出决定是否违法，需分情况讨论：

1. 一般情况下的90日期限

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》第六十条，行政机关应当自行政处罚案件立案之日起九十日内作出行政处罚决定。这是法律对行政机关办理行政处罚案件的一般期限要求。
   • 若行政机关在90日内未作出决定，且不存在法定延长情形，则可能构成程序违法。在此情况下，当事人有权在行政复议或行政诉讼中提出程序违法的抗辩，一旦被复议机关或人民法院认定程序违法，行政处罚决定可能会被撤销。

2. 特殊情况下的期限延长

   • 在某些特殊情况下，如案件复杂、涉及多个当事人或大量证据需要调查核实，或需进行检验、检测、鉴定等专业技术工作且时间较长时，行政机关可根据法律、法规、规章的规定延长办案期限。
   • 延长办案期限需符合法定程序，并及时告知当事人。行政机关应按照规定的程序办理延长手续，如经相关负责人批准或集体讨论决定，并积极采取措施加快处理进度，同时及时告知当事人相关情况和理由。

3. 处罚时效的限制

   • 除了办案期限外，还需注意处罚时效的限制。根据《中华人民共和国行政处罚法》的规定，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚（涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，追诉时效期限延长至五年）。这一“发现”指的是行政机关发现违法行为线索的时间，而非作出处罚决定的时间。
   • 只要违法行为在规定时效内被发现，即便超过90天，行政机关仍有权依法作出处罚决定。但实际操作中，还需考虑证据的保存和获取难度、违法行为的性质和严重程度等因素。

法律后果与救济途径：

• 若行政机关未在法定时限内作出处理决定，且不存在法定延长情形，当事人可以依法向上一级行政机关或有关监督机关申请行政复议，或者直接向人民法院提起行政诉讼，以维护自身合法权益。

建议：

• 对于行政机关而言，应严格遵守法定的办案期限和程序要求，确保及时有效地处理行政违法行为。
• 对于当事人而言，应关注行政机关的处理进度和时效性，必要时采取法律措施维护自己的合法权益。若遇到行政处罚案件超过90日未作出决定的情况，可及时咨询我，以获取更准确的法律意见和帮助。