针对“已超过90日的行政处罚决定怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细、有深度的解答：

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国行政处罚法》第六十条的规定，行政机关应当自行政处罚案件立案之日起九十日内作出行政处罚决定。这一规定旨在保障行政效率，同时确保当事人的合法权益不受侵害，防止案件久拖不决。

如果行政处罚决定超过了法定的90日期限，可能面临以下几种情况：

1. 程序违法的认定风险：

   • 若超过90日仍未办结且没有合法的延期理由，该行政处罚决定可能因程序违法而被质疑。在行政诉讼中，法院有可能以“超期办案”为由撤销该处罚决定。

2. 法定延期的适用条件：

   • 在某些特殊情况下，如案情复杂或重大违法行为需集体讨论等，行政机关可以申请延期。但延期必须经本机关负责人批准，并书面告知当事人延期事由及期限。
   • 值得注意的是，法律并未明确允许多次延期，实践中通常也仅限一次。

3. 超期后的补救措施：

   • 尽快结案：行政机关应优先完成调查取证、听证等程序，并尽快作出决定。
   • 主动纠错：如果发现存在程序瑕疵，行政机关可以依法撤销原立案决定，并重新启动程序（但需注意时效问题）。
   • 沟通解释：向当事人详细说明超期原因及处理进展，以降低法律风险，并争取当事人的理解和支持。

4. 行政相对人的权益：

   • 如果行政相对人认为行政机关逾期未作出行政处罚决定，有权向上一级行政机构或监察部门进行投诉和举报，以此来督促相关行政单位规范其行政活动。

5. 实务操作建议：

   • 行政机关应严格把控时间节点，建立案件台账，并设置临近90日的预警机制。
   • 提前评估是否需要延期，并规范延期审批流程，确保延期决定的合法性和有效性。
   • 强化内部监督与追责机制，定期清理长期未结案件，对无故拖延的责任人进行问责。
   • 对于超期案件，应整理完整的延期审批文件、案情复杂证明材料等，以备应对可能的司法审查。

综上所述，对于已超过90日的行政处罚决定，行政机关应根据具体情况采取相应的补救措施或承担相应的法律责任。同时，也应加强内部管理，确保案件在法定期限内办结，以维护行政效率和当事人的合法权益。