结论：申请离职被驳回，用人单位一般不能因此扣工资，但具体还需根据离职原因、公司规章制度以及相关法律法规综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、正常离职申请被驳回的情况
员工主动提出离职：
- 根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。
- 在这种情况下，如果员工已经按照法律规定提前通知了用人单位，且不存在其他违法或违约行为，用人单位无权驳回离职申请，更无权因此扣工资。
公司规章制度限制：
- 有些公司可能在规章制度中规定了离职的特定流程或条件，如需要完成一定的工作交接、培训新员工等。
- 如果员工未按照公司规章制度履行相关义务，公司可能会暂时驳回离职申请，但这并不意味着公司可以扣工资。公司应与员工协商解决，而不是单方面扣减工资。
二、非正常离职申请被驳回的情况（如员工存在过错）
员工违反公司规定或劳动合同：
- 如果员工因违反公司规章制度或劳动合同中的约定（如严重失职、营私舞弊等）而被公司驳回离职申请，公司可能会根据内部规定或劳动合同中的条款对员工进行处罚。
- 但这种处罚通常不包括直接扣工资，除非劳动合同或公司规章制度中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定。
员工未提前通知离职：
- 如果员工未按照法律规定提前通知用人单位而擅自离职，公司可能会因此遭受损失，并有权要求员工赔偿。
- 然而，这种赔偿通常需要通过法律途径解决，而不是由公司单方面扣减工资。公司应收集相关证据，证明其因员工擅自离职而遭受的损失，并依法向员工追偿。
三、公司扣工资的合法情形
法定扣减：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
约定扣减：
- 如果劳动合同或公司规章制度中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，公司可以根据约定扣减工资。但这种扣减必须合理、合法，且不能损害员工的合法权益。
四、建议与行动
与公司协商：
- 如果你的离职申请被驳回，且公司提出扣工资，首先尝试与公司协商解决。了解公司扣工资的具体原因和依据，并表达自己的观点和诉求。
收集证据：
- 如果协商无果，收集相关证据（如劳动合同、公司规章制度、离职申请记录、工资条等）以证明自己的权益。
寻求法律援助：
- 如果公司扣工资的行为违反了法律法规或劳动合同中的约定，你可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
最后，离职和工资问题涉及员工的切身利益，务必谨慎对待。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。