针对您提出的问题，即分包单位已将款项支付给包工头且由包工头代发工资，但工人不承认收到工资的情况，以下是我的分析和建议：

1. 法律关系梳理：

   • 在这种情境下，首先需要明确的是分包单位、包工头和工人之间的法律关系。分包单位与包工头之间通常存在劳务分包合同关系，而包工头与工人之间则是雇佣关系。
   • 分包单位有义务确保工人的工资得到及时、足额的支付。如果分包单位已经将工资款项支付给了包工头，并委托其代发工资，那么分包单位在法律上可能已经履行了其支付工资的义务（但需注意，这种履行方式存在风险，因为包工头可能挪用资金或未全额支付给工人）。

2. 工人不承认收到工资的可能原因及应对：

   • 原因一：包工头未实际支付或未全额支付：

     • 如果包工头确实未将工资支付给工人或未全额支付，那么工人有权向分包单位或包工头追讨工资。此时，分包单位需要证明其已经将工资款项支付给了包工头，并可能需要对包工头的行为承担一定的连带责任（具体取决于分包单位与包工头之间的合同约定以及相关法律法规的规定）。
     • 应对建议：分包单位应收集并保存好所有与包工头之间的支付凭证，如转账记录、收据等，以证明其已经履行了支付工资的义务。同时，分包单位可以协助工人向包工头追讨工资，或者根据合同约定和相关法律法规的规定，承担一定的连带责任。

   • 原因二：工人与包工头之间存在纠纷：

     • 工人与包工头之间可能存在其他纠纷，如工作量计算错误、工资计算方式争议等，导致工人不承认收到工资。
     • 应对建议：在这种情况下，分包单位可以建议工人和包工头通过协商、调解或仲裁等方式解决纠纷。如果纠纷无法解决，工人可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁申请。分包单位应积极配合相关部门的调查和处理工作。

   • 原因三：工人故意否认以获取更多利益：

     • 极少数情况下，工人可能故意否认收到工资以试图获取更多的利益。
     • 应对建议：如果分包单位有充分的证据证明工人已经收到了工资（如工人签字的工资单、银行转账记录等），那么工人故意否认的行为可能构成欺诈。分包单位可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益，如向法院提起诉讼要求工人返还多得的款项或承担其他法律责任。

3. 预防措施与建议：

   • 为了避免类似纠纷的发生，分包单位在支付工资时应尽量采取直接支付给工人的方式，避免通过包工头代发。如果确实需要通过包工头代发工资，分包单位应与包工头签订明确的委托代发工资协议，并要求包工头提供工人签字的工资单等证明文件。
   • 分包单位还应加强对包工头的管理和监督，确保包工头按照合同约定和相关法律法规的规定履行其义务。

总之，面对工人不承认收到工资的情况，分包单位应首先收集并保存好相关证据，然后根据不同情况采取相应的应对措施。如果无法自行解决纠纷，建议及时寻求法律帮助或向相关部门投诉。如果您在此过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。