结论：农民工在两个工地都领取工资，一般情况下不会直接影响工资考勤的上传，但可能因具体考勤和工资发放系统的设置或管理问题导致上传异常。以下从不同角度进行分析：

1. 考勤与工资发放系统的独立性：

   • 通常情况下，每个工地或企业会有自己独立的考勤和工资发放系统。这些系统之间并不直接关联，因此，农民工在一个工地的考勤和工资发放情况，理论上不会影响另一个工地的考勤和工资上传。
   • 如果两个工地使用的是同一套考勤和工资发放系统（这种情况较为少见），并且系统设置了严格的唯一性验证（如身份证号、工号等唯一标识），那么理论上可能存在冲突，但这种情况需要具体系统设置来确定。

2. 实际操作中的可能问题：

   • 数据录入错误：在两个工地都录入考勤和工资信息时，如果数据录入人员不慎将信息录入错误，比如将农民工的考勤记录或工资信息录入了错误的账户或工地，就可能导致考勤上传异常或工资发放错误。
   • 系统兼容性问题：如果两个工地使用的考勤和工资发放系统不兼容，或者存在技术上的障碍，也可能导致考勤信息无法正常上传或工资发放出现问题。
   • 管理规定冲突：不同工地可能有不同的管理规定，比如对农民工同时在不同工地工作的限制、考勤和工资发放的具体流程等。如果这些规定之间存在冲突或不明确，也可能引发问题。

3. 法律建议：

   • 明确合同条款：农民工在接受两个工地的工作时，应明确与每个工地签订的劳动合同中的相关条款，特别是关于考勤、工资发放以及是否允许同时在其他工地工作的规定。
   • 保留证据：农民工应妥善保留自己在两个工地的考勤记录、工资单等证据，以备不时之需。
   • 及时沟通：如果发现考勤上传异常或工资发放问题，农民工应及时与工地负责人或相关管理部门沟通，寻求解决方案。
   • 寻求法律帮助：如果问题无法得到妥善解决，农民工可以寻求法律帮助，比如咨询专业律师（如我，罗一粟律师，专注于劳动纠纷领域），以维护自己的合法权益。

可能后果与应对：

• 如果因两个工地都发工资导致考勤上传异常或工资发放问题，农民工可能会面临工资被扣减、考勤记录不准确等后果。
• 为避免这些后果，农民工应主动与工地沟通，明确各自的责任和义务，并确保自己的考勤和工资信息准确无误。如果问题复杂或无法解决，及时寻求法律帮助是明智的选择。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。