民间借贷中约定借款合同三年、担保期两年的情况，在符合法律规定的前提下是合法的。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律背景与规定
借款合同期限：
- 借款合同的期限由借贷双方自行约定，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，就是有效的。因此，约定借款合同为三年是合法的。
担保期限：
- 担保期限同样由借贷双方约定，但需注意，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，担保期限有明确的法律限制和约定规则。
- 如果担保合同中有约定担保期限，则按照约定执行。但约定的担保期限不得早于或等于主债务履行期限，也不得存在主债务履行期限未届满而担保期限已届满的情况，否则该约定无效。
- 在没有约定或约定不明确的情况下，担保期限为主债务履行期限届满之日起六个月。
- 特别需要注意的是，如果约定的担保期限短于主债务履行期限或者与主债务履行期限同时届满，视为未约定，此时担保期限应为主债务履行期限届满之日起六个月。但本题中约定的担保期两年，长于主债务履行期限（三年中的某一时点至届满），且未违反其他强制性规定，因此是有效的。
二、合法性分析
不违反法律强制性规定：
- 借款合同三年、担保期两年的约定，没有违反法律、行政法规的强制性规定，因此是合法的。
符合担保期限的约定规则：
- 担保期限两年，长于主债务可能的最短履行期限（假设从签订合同起算，三年后届满），且未违反担保期限不得早于或等于主债务履行期限的规定。
- 同时，该约定也未导致担保期限在主债务履行期限届满前已届满的情况，因此是有效的。
三、实际操作建议
明确约定：
- 在签订借款合同时，应明确约定借款期限和担保期限，以避免后续纠纷。
注意担保期限的合理性：
- 担保期限应合理设置，既要保障债权人的利益，也要考虑担保人的负担能力。过长的担保期限可能增加担保人的风险。
及时行使权利：
- 债权人应在担保期限内及时行使权利，如要求担保人承担担保责任等。逾期未行使的，可能丧失相关权利。
四、可能的风险与后果
担保人责任：
- 如果债权人未在担保期限内要求担保人承担担保责任，担保人可能免除担保责任。
合同纠纷：
- 如果因担保期限问题发生纠纷，可能涉及合同解释、法律适用等问题，需要依据相关法律法规和合同约定进行裁决。
总结来说，民间借贷中约定借款合同三年、担保期两年的情况，在符合法律规定的前提下是合法的。但为了避免后续纠纷和风险，建议在签订合同时明确约定相关条款，并注意担保期限的合理性和及时行使权利。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。