若食品复检结果被推翻，可按以下步骤处理：

1. 确认推翻原因及合法性
   首先需明确复检结果被推翻的具体原因，例如是否因检测机构资质问题、程序违法（如未按规定留存备份样品、未在规定时间内完成检测）、检测方法错误，或复检机构与初检机构存在利益关联等。根据《食品安全抽样检验管理办法》第三十七条，复检机构与初检机构不得为同一机构，且需具备相应资质。若推翻原因涉及程序违法或实体错误，可主张复检结论无效。

2. 分情况主张权利

   • 若您是生产经营者：
     若复检结论被推翻后，原检验结论可能对您造成不利影响（如行政处罚、声誉损失），可依据《行政处罚法》第三十二条，在收到处罚告知后5日内提出陈述、申辩，或申请听证。若行政机关已依据原结论作出处罚，可依法申请行政复议（60日内）或提起行政诉讼（6个月内），要求撤销或变更处罚决定。
     示例：某企业因初检“添加剂超标”被处罚，复检合格后，企业可凭复检报告申请复议，要求撤销罚款及公示信息。

   • 若您是消费者：
     若复检推翻原结论后，您因原结论遭受损失（如购买问题食品后就医），可依据《消费者权益保护法》第五十五条，要求经营者“退一赔三，最低赔偿500元”；若造成人身伤害，可同时主张医疗费、误工费等赔偿。需保留购物凭证、检验报告、医疗记录等证据。
     示例：消费者因食用初检不合格食品腹泻，复检合格后，若能证明腹泻与食品无关，则无法主张赔偿；若复检虽合格但初检时食品确实存在其他问题（如过期），仍可主张权利。

3. 追究检测机构责任（如存在过错）
   若推翻原因是检测机构过错（如出具虚假报告、未按标准检测），可依据《民法典》第一千二百二十二条，要求检测机构承担侵权责任，赔偿因错误结论导致的损失（如行政处罚罚款、经营损失、消费者索赔等）。需通过市场监管部门投诉或直接起诉检测机构，并提供复检报告、检测过程记录等证据。

关键提醒：

• 复检结论被推翻后，需第一时间固定证据（如复检报告、沟通记录、行政文书）；
  
• 行政程序（复议/诉讼）与民事索赔可同步推进，但需注意期限；
  
• 若涉及刑事犯罪（如生产销售有毒有害食品），即使复检合格，若初检时已涉嫌犯罪，公安机关仍可能立案侦查，需结合具体案情分析。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的处理方案。