结论：员工单日如厕6小时21分钟被解雇是否合法，需结合具体情况判断，但若员工行为严重违反公司规章制度，且公司规章制度合法有效，则解雇行为可能合法。以下从不同角度详细分析：
一、公司规章制度的角度
规章制度的内容：
- 公司规章制度中应明确规定员工的工作时间、休息时间以及如厕等日常行为的管理规范。若规章制度中明确规定了如厕时间的限制，并且该规定合理、合法，不侵犯员工的合法权益，那么员工违反该规定可能构成违纪。
规章制度的合法性：
- 规章制度必须经过民主程序制定，即应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 规章制度必须公示或者告知劳动者，确保员工知晓并理解规章制度的内容。
- 规章制度的内容不得违反法律、行政法规的规定，不得损害员工的合法权益。
解雇的合法性：
- 若员工单日如厕6小时21分钟的行为严重违反了公司合法有效的规章制度，且公司能够提供充分证据证明该行为的存在，那么公司依据规章制度解雇员工可能构成合法解雇。
二、员工行为的角度
行为的合理性：
- 如厕是员工的正常生理需求，公司应给予员工合理的如厕时间。单日如厕6小时21分钟显然超出了正常范围，可能构成故意拖延工作时间或违反工作纪律的行为。
行为的证据：
- 公司需要提供充分证据证明员工单日如厕6小时21分钟的事实，如监控录像、考勤记录、同事证言等。若证据不足或存在瑕疵，可能影响解雇的合法性。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 若公司解雇行为合法，员工可能无法获得经济补偿或赔偿金。
- 若公司解雇行为违法，员工有权要求公司继续履行劳动合同或支付经济补偿、赔偿金等。
建议：
- 对于公司：应完善规章制度，明确如厕等日常行为的管理规范，并确保规章制度的合法性和公示性。在解雇员工前，应充分收集证据，确保解雇行为的合法性和合理性。
- 对于员工：应遵守公司规章制度，合理安排如厕时间，避免故意拖延工作时间或违反工作纪律。若对公司解雇行为有异议，可以依法申请劳动仲裁或提起诉讼，维护自己的合法权益。
举例说明：假设某公司规章制度中明确规定员工每日如厕时间不得超过1小时，且该规定经过民主程序制定并公示。某员工单日如厕6小时21分钟，严重违反了公司规章制度。公司能够提供监控录像等充分证据证明该行为的存在，并依据规章制度解雇了该员工。在此情况下，解雇行为可能构成合法解雇。
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