结论：在公司股东会决议变更法定代表人但未及时办理变更登记的情况下，若公司被起诉，原则上应由新任法定代表人代表公司应诉，但具体情形还需结合实际情况及法院的认定来判断。

详细分析：

1. 法定代表人变更的效力：

   • 根据《公司法》及相关规定，公司法定代表人的变更属于公司内部事务，股东会决议变更法定代表人后，该变更即在公司内部产生效力。
   • 尽管未及时办理工商变更登记，但这并不影响新任法定代表人在公司内部的地位和职权。工商变更登记更多是对外公示的效力，而非法定代表人变更的生效要件。

2. 代表公司应诉的主体：

   • 在公司被起诉时，原则上应由新任法定代表人代表公司应诉。因为新任法定代表人已经公司股东会决议选举产生，具有代表公司行使职权的合法身份。
   • 如果因未及时办理工商变更登记，导致外部第三方（如法院、原告等）对公司的法定代表人身份存在疑问，公司可以通过提供股东会决议、公司章程等内部文件来证明新任法定代表人的合法身份。

3. 特殊情况下的处理：

   • 如果因未及时办理工商变更登记，导致法院在受理案件时无法确认新任法定代表人的身份，法院可能会要求公司出具相关证明文件或指定原法定代表人代表公司应诉。但这种情况并非绝对，具体还需根据法院的认定和案件实际情况来判断。
   • 另外，如果原法定代表人拒绝配合或存在其他妨碍新任法定代表人代表公司应诉的情形，公司可以通过法律途径（如申请法院强制执行、提起诉讼等）来维护自身权益。

4. 法律建议：

   • 为避免因未及时办理工商变更登记而引发的法律纠纷和不必要的麻烦，公司应在股东会决议变更法定代表人后尽快办理工商变更登记手续。
   • 如果因特殊原因无法及时办理变更登记，公司应妥善保管股东会决议、公司章程等内部文件，并在必要时向法院或相关第三方提供这些文件以证明新任法定代表人的合法身份。

后续行动建议：

• 如果公司目前正面临此类情况，建议尽快与法院沟通，提供股东会决议等内部文件以证明新任法定代表人的合法身份。
• 同时，公司应加快办理工商变更登记手续，以避免未来可能出现的类似法律纠纷。

如有任何进一步的问题或需要法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。