工商登记的法定代表人与公司发生矛盾时，股东会选任的新法定代表人可以参与诉讼，但需注意相关法律程序和效力问题。

1. 法定代表人变更的法定程序：

   • 根据《公司法》及相关规定，公司法定代表人的变更需要经过一定的法定程序，包括召开股东会、形成决议、修改公司章程、办理工商变更登记等。
   • 股东会作为公司的最高权力机构，有权选举和更换法定代表人。

2. 新法定代表人参与诉讼的合法性：

   • 在股东会已经依法选举出新的法定代表人，并且该选举结果不违反公司章程和法律法规的前提下，新法定代表人有权代表公司参与诉讼。
   • 然而，如果工商登记尚未变更，新法定代表人在对外行使职权时可能会遇到一定障碍，因为第三人可能基于工商登记信息来认定公司的法定代表人。

3. 诉讼中的特殊考虑：

   • 在诉讼过程中，法院可能会要求公司提供法定代表人变更的相关证据，以确认新法定代表人的合法性。
   • 如果工商登记尚未变更，且对方当事人对新法定代表人的身份提出异议，法院可能会对此进行审查，并可能影响诉讼的进展。

4. 建议与措施：

   • 在股东会选举出新法定代表人后，应尽快办理工商变更登记，以确保新法定代表人的对外代表权得到法律认可。
   • 在办理工商变更登记期间，如果需要参与诉讼，可以准备充分的证据材料来证明新法定代表人的合法性，如股东会决议、公司章程修正案等。
   • 如果可能，可以与对方当事人进行协商，争取其对新法定代表人身份的认可，以避免不必要的诉讼障碍。

综上所述，股东会选任的新法定代表人可以参与公司诉讼，但应确保选举程序的合法性，并尽快办理工商变更登记以巩固其对外代表权。在诉讼过程中，应准备充分的证据材料来应对可能提出的异议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。