合同作废且已开发票退回的，需根据发票类型及作废原因分情况处理，核心原则是确保税务合规并避免法律风险。具体处理方式如下：

1. 增值税专用发票作废退回的处理

• 当月作废：若发票开具当月发现错误且合同作废，可直接在开票系统中作废发票，并将作废发票的全部联次（包括发票联、抵扣联等）收回并加盖“作废”章，与退回的发票一并留存备查。此时无需重新开具发票，但需在税务系统中同步作废信息。
• 跨月作废：若发票已跨月或已认证抵扣，需通过开具红字发票处理。具体流程为：
  1. 购买方申请：由购买方向其主管税务机关提交《开具红字增值税专用发票信息表》（若发票未认证，由销售方申请）；
  2. 销售方开具红字发票：根据信息表开具红字专用发票，冲减当期销售额及销项税额；
  3. 重新开具发票：若合同作废后需重新签订新合同并履行，可按新合同内容重新开具蓝字发票。

2. 增值税普通发票作废退回的处理

• 当月作废：与专用发票类似，可直接在开票系统中作废，收回全部联次并加盖“作废”章，留存备查。
• 跨月作废：无需申请信息表，直接开具红字普通发票冲销原发票，并注明“作废”字样或“冲红”字样。若合同作废后无新交易，无需重新开具发票。

3. 合同作废的税务与法律风险防控

• 税务合规：发票作废或红冲需严格按税务机关规定操作，避免虚开发票或违规冲销导致税务处罚。例如，红字发票需与实际业务相符，不得随意开具。
• 合同证据留存：合同作废后，建议双方签署书面解除协议，明确作废原因、发票处理方式及双方责任，避免后续纠纷。
• 资金往来处理：若合同作废前已支付款项，需通过退款协议或补充协议明确退款方式、时间及税务处理（如是否需开具红字发票或收据）。

4. 特殊情形处理

• 发票遗失：若退回的发票联或抵扣联遗失，需按税务机关要求登报声明作废，并凭剩余联次及书面说明办理作废或红冲手续。
• 已认证发票退回：购买方已认证的专用发票需由购买方申请红字信息表，销售方凭信息表开具红字发票，否则可能导致购买方无法抵扣进项税额。

提示：发票处理涉及税务合规及合同履行证据链的完整性，建议操作前核对当地税务机关的具体要求（如红字发票申请时限、资料提交要求等）。若对流程不熟悉，可直接向我咨询具体操作步骤及风险防范措施。