结论：公司扣绩效且降低社保缴纳基数的行为是否合法，需分情况讨论，具体如下：
- 关于扣绩效的合法性
根据《劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致可以变更劳动合同内容（如绩效标准），但需采用书面形式。若公司单方面扣减绩效，需满足以下条件才可能合法：
- 制度依据：公司需有合法有效的绩效考核制度（如经民主程序制定、公示或告知劳动者），且制度中明确规定了绩效扣减的情形和标准；
- 事实依据：劳动者确实存在未达绩效标准的行为（如考勤不达标、任务未完成等），且公司能提供相关证据（如考核表、工作记录等）；
- 比例合理：扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。
若公司无法满足上述条件，单方面扣绩效可能构成违法克扣工资，劳动者可要求补发并主张经济补偿。
- 关于降低社保缴纳基数的合法性
根据《社会保险法》第六十条，用人单位必须按劳动者实际工资总额（而非最低工资或协商金额）申报社保缴费基数。若公司降低社保基数，需分情况判断：
- 合法情形：若劳动者实际工资低于当地社平工资的60%，公司可按最低基数缴纳（但需以实际工资为上限）；
- 违法情形：若劳动者实际工资高于最低基数，公司擅自降低基数属于未足额缴纳社保，劳动者可向社保部门投诉，要求公司补缴差额，并可能面临行政处罚（如罚款、滞纳金）。
需注意：社保基数调整需以劳动者实际工资变化为依据，公司不得随意单方面降低。
建议行动：
- 劳动者可先核查公司扣绩效和降基数的具体依据（如制度文件、工资条、社保缴费记录等）；
- 若公司行为违法，可先与公司协商，协商不成可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁；
- 保留好劳动合同、工资条、考核记录等证据，以备维权使用。
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