公司扣减绩效工资是否合法，主要取决于绩效考核制度的合法性、明确性，扣除比例的合理性，以及扣除后工资是否低于最低工资标准等多个因素。以下是对此问题的详细分析：
合法情形
制度依据明确：
- 公司应制定明确的绩效考核制度和薪酬管理制度，这些制度需经过民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论）制定，并向劳动者公示或告知。若制度中明确规定了绩效工资的考核标准、发放方式及扣减情形，且劳动者已知悉并同意，那么公司在员工绩效不达标时扣减绩效工资通常是合法的。
合同约定清晰：
- 用人单位与劳动者签订的劳动合同中应明确约定绩效工资的发放条件和扣减规则。若劳动合同中有“因劳动者未能达到绩效考核标准，用人单位可以扣减绩效工资”的类似条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，则企业有权根据绩效考核结果扣减工资。
考核过程公正合理：
- 绩效考核过程应公开透明，确保考核结果的客观性和公正性。考核指标应具体、明确，避免主观随意性大或模糊不清的指标。同时，扣减工资的比例和幅度应合理，避免过度扣减导致劳动者收入过低。
扣除后工资不低于最低工资标准：
- 即使绩效考核制度合法，扣减绩效工资后，员工的实际工资也不得低于当地最低工资标准。这是保障员工基本生活的法定底线，任何扣减行为都不得违反。
不合法情形
制度不合法或不明确：
- 若公司未制定绩效考核制度，或制度未经过民主程序制定，或考核标准模糊不清、随意变更，或未提前向员工公示告知，那么以绩效考核为由扣除工资是违法的。
无正当理由随意扣减：
- 公司无正当理由随意扣减员工的绩效工资，或以绩效之名行克扣工资之实（如为惩罚员工、强迫离职等恶意扣减），均属违法行为。
扣除后工资低于最低工资标准：
- 如前所述，即使绩效考核制度合法，但如果扣除绩效工资后员工的实际工资低于当地最低工资标准，这种扣除也是违法的。
员工权益维护途径
与用人单位协商解决：
- 员工首先应与用人单位沟通协商，了解扣减绩效工资的具体原因和依据，并表达自己的意见和诉求。通过协商，往往可以达成双方都能接受的解决方案。
向劳动行政部门投诉：
- 若协商无果，员工可向当地劳动行政部门投诉，寻求政府部门的帮助和支持。劳动行政部门有权对用人单位的违法行为进行调查和处理。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如问题仍无法解决，员工可向劳动仲裁机构申请仲裁，或在必要时向人民法院提起诉讼。通过法律途径来维护自身合法权益是员工的正当权利。
总结来说，公司扣减绩效工资是否合法需综合考虑多个因素。作为员工，在面对此类问题时，应充分了解自己的权益和维权途径，并在必要时寻求法律帮助以确保自身权益不受侵害。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。