结论：在原有矿山有采矿许可证但安全手续未完善的情况下，挖掘原来废料进行回填是否违法，需结合具体情况判断，但一般情况下可能构成违法，具体分析如下：

一、采矿许可证与安全手续的法律关系

1. 采矿许可证的法律效力：采矿许可证是矿山企业合法开采矿产资源的法定凭证，它证明了企业具备开采特定矿产资源的资格。然而，采矿许可证的取得并不意味着企业可以无视其他相关法律法规，特别是安全生产方面的规定。

2. 安全手续的重要性：安全手续是矿山企业进行开采活动前必须完成的一系列安全评估、审批和备案程序，旨在确保矿山开采活动的安全性，防止事故发生。安全手续的完善是矿山企业合法开采的必要条件之一。

二、挖掘废料回填的合法性分析

1. 一般情况下的违法性：在安全手续未完善的情况下，即使矿山企业拥有采矿许可证，进行任何形式的开采活动（包括挖掘废料回填）都可能被视为违法。因为安全手续的缺失意味着矿山企业可能未达到安全生产的标准，进行开采活动可能危及人员安全和环境安全。

2. 特殊情况下的合法性：如果挖掘废料回填活动被视为矿山复垦或生态修复的一部分，且该活动已经得到了相关部门的批准和监管，那么在这种情况下，即使安全手续未完全完善，该活动也可能被视为合法。但这种情况需要严格的审批和监管程序，且必须确保活动不会对人员安全和环境安全造成威胁。

三、可能的法律后果

1. 行政处罚：如果矿山企业在安全手续未完善的情况下进行挖掘废料回填活动，可能会面临相关部门的行政处罚，如罚款、责令停产整顿等。

2. 刑事责任：如果该活动导致严重后果，如人员伤亡或环境污染等，矿山企业及其相关责任人员可能会面临刑事责任的追究。

四、建议与措施

1. 完善安全手续：矿山企业应尽快完善安全手续，确保开采活动的合法性。这包括进行安全评估、获得相关部门的审批和备案等。

2. 咨询专业意见：在进行任何开采活动前，矿山企业应咨询专业律师或相关部门的意见，确保活动的合法性和安全性。

3. 加强安全管理：矿山企业应加强安全管理，建立健全的安全生产制度，确保开采活动的安全进行。

进一步思考：矿山企业在开采过程中应始终将安全生产放在首位，严格遵守相关法律法规和规章制度。如果遇到法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。