在行政部门移交物证且当事人已经潜逃的情况下，扣押物证仍可依法进行，但需遵循特定程序并注意相关法律要点。具体分析如下：

1. 扣押物证的法律依据与程序
   根据《刑事诉讼法》及相关司法解释，扣押物证属于刑事侦查措施，通常由公安机关、检察院等侦查机关依法实施。若行政部门在执法过程中发现与案件相关的物证，可依法先行固定、封存，并及时移交有管辖权的侦查机关（如公安机关）。即使当事人潜逃，侦查机关仍可对物证进行扣押，但需注意以下程序：

   • 制作扣押清单：详细记录物证的名称、数量、特征、来源等信息，并由侦查人员、见证人签字确认。
     
   • 出具扣押决定书：明确扣押的法律依据、物证信息及保管方式，确保程序合法。
     
   • 及时通知当事人：若当事人潜逃，可通过公告、留置送达等方式履行通知义务，避免程序瑕疵。

2. 当事人潜逃对扣押的影响及应对
   当事人潜逃不影响物证本身的合法性及扣押程序的进行，但需注意以下问题：

   • 物证与案件的关联性：扣押的物证必须与案件事实直接相关，且能证明犯罪行为的存在。若物证与案件无关，即使当事人潜逃，也应依法返还或解除扣押。
     
   • 物证的保管与移送：扣押的物证需妥善保管，防止损毁、灭失。若案件需移送审查起诉或审判，应随案移送物证及扣押清单，确保诉讼程序的顺利进行。
     
   • 对潜逃当事人的追捕：侦查机关应依法对潜逃的当事人发布通缉令或采取其他追捕措施，确保其到案接受审判。

3. 特殊情形下的处理

   • 紧急情况下的先行扣押：若物证存在灭失、损毁风险，侦查机关可先行扣押，并在扣押后24小时内补办相关手续。
     
   • 涉案财物处置：若物证属于涉案财物（如赃款赃物），需依法进行查封、扣押、冻结，并在案件审结后按照判决结果依法处理。
     

总结：当事人潜逃不影响物证的扣押程序，但需确保扣押行为合法、物证与案件关联，并依法履行通知、保管等义务。若涉及复杂情形（如物证性质认定、跨部门协作等），建议结合具体案情进一步分析。如有疑问，可直接向我咨询。