结论：公司过年留下加班但三倍工资低于法定标准是不合法的。
法律背景与解释
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
- 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
过年期间，通常包含法定休假日（如春节初一、初二、初三），如果公司在这几天安排员工加班，那么必须按照法律规定支付不低于工资百分之三百的工资报酬。如果公司支付的加班工资低于这个标准，就违反了法律规定。
具体分析与建议
核实加班工资计算方式：
- 首先，你需要确认公司计算加班工资的基数是否正确。加班工资的计算基数通常是劳动者本人的月工资，但具体可能因公司政策或劳动合同而有所不同。不过，无论如何，加班工资的比例必须符合法律规定。
- 其次，确认公司是否按照法定休假日的三倍标准支付了加班工资。如果公司只是按照日常加班或休息日加班的标准支付，那么就是违法的。
与公司沟通协商：
- 如果你发现公司支付的加班工资低于法定标准，可以先与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通协商，要求公司按照法律规定支付足额的加班工资。
寻求法律援助或投诉：
- 如果公司拒绝支付足额的加班工资，你可以向当地的劳动监察部门投诉，或者寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
可能的法律后果
如果公司违反法律规定，未按照法定标准支付加班工资，可能会面临以下法律后果：
- 劳动监察部门的处罚：劳动监察部门有权对公司进行处罚，包括责令支付足额的加班工资、加付赔偿金等。
- 劳动争议仲裁或诉讼：你可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，要求公司支付足额的加班工资及可能的赔偿金。
举例说明
假设你的月工资为5000元，过年期间公司安排你加班3天（其中包含1天法定休假日），但公司只按照日常加班的标准（即工资的百分之一百五十）支付了加班工资。那么，按照法律规定，公司应该支付你：
- 日常加班2天的工资：\(5000 \div 21.75 \times 2 \times 150\% \approx 689.66\)（元）（21.75为月计薪天数）
- 法定休假日加班1天的工资：\(5000 \div 21.75 \times 1 \times 300\% \approx 689.66\)（元）
如果公司只支付了你日常加班的工资，而没有支付法定休假日的三倍工资，那么公司就违反了法律规定，你有权要求公司补足差额。
总之，公司过年留下加班但三倍工资低于法定标准是不合法的。如果你遇到了这种情况，可以先与公司沟通协商，如果协商无果，可以寻求法律援助或投诉来维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。