协议上规定的当日违反协议扣违约金，是否合理需分情况讨论：

1. 违约金条款的合法性基础
   根据《中华人民共和国民法典》第五百八十五条，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金。这意味着，协议中约定违约金本身是合法的，但需满足以下条件：

   • 违约金数额需合理，不得过分高于实际损失（通常不超过损失的30%）；
     
   • 违约金条款需双方自愿协商，不存在欺诈、胁迫等情形；
     
   • 违约行为需明确可界定（如未按时履行、质量不达标等）。
     

2. “当日违反协议扣违约金”的合理性分析

   • 若违约金数额与违约行为后果匹配：例如，协议约定“未在当日支付货款，需支付未付金额5%的违约金”，且该比例符合行业惯例或实际损失范围，则条款合理。
     
   • 若违约金数额明显过高：例如，协议约定“迟到1分钟扣全部款项的50%”，此类条款可能因显失公平被法院或仲裁机构调整。根据《民法典》及相关司法解释，若违约金超过实际损失的30%，违约方有权请求减少。
     
   • 若违约行为无法量化损失：例如，协议约定“当日未提交报告扣1万元违约金”，但未说明该报告的重要性或损失计算方式，此类条款可能因缺乏依据被认定无效。
     

3. 实务建议

   • 对守约方：若您是协议中要求支付违约金的一方，需确保：
     
     • 违约金条款明确具体（如“逾期每日按未付金额的0.1%支付违约金”）；
       
     • 保留实际损失的证据（如发票、聊天记录等），以便在对方主张调整时提供依据。
       
   • 对违约方：若您被要求支付违约金，可：
     
     • 核对协议是否约定违约金计算方式；
       
     • 评估违约金是否远高于实际损失，若过高可向法院或仲裁机构申请减少；
       
     • 检查违约行为是否因不可抗力或对方过错导致，若存在可主张免责。
       

总结：协议中约定“当日违反协议扣违约金”的合理性，取决于违约金数额是否与违约后果匹配、条款是否公平自愿。若您对具体协议条款有疑问，可直接向我咨询，我会结合协议内容为您详细分析。