员工在申请办理离职时，确实有权要求公司结清工资，这是法律赋予的合法权益。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国劳动法》第五十条：明确规定工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一条款确立了用人单位按时支付工资的法定义务，包括在员工离职时应及时结清工资。

2. 《工资支付暂行规定》第九条：进一步规定，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。此规定具体明确了劳动关系结束时用人单位结清工资的要求。

二、不同离职情况下的工资结算

1. 正常离职：

   • 员工按照法定程序（如提前30日以书面形式通知，试用期内提前3日通知）或双方协商一致解除劳动合同后，无论离职原因如何，用人单位都应在员工办理完离职手续时一次性结清所有拖欠的工资。
   • 实例说明：小李按公司规定提前30天提交离职申请，离职当天公司应结清其所有拖欠工资，不得拖延。

2. 员工主动辞职：

   • 员工提前通知用人单位后离职，用人单位同样需在离职时结清工资。
   • 实例说明：小王5月1日提交辞职申请，6月1日正式离职，公司应结清其5月工资及未结款项。

3. 公司辞退员工：

   • 合法辞退：因员工严重违规等原因，公司依法辞退时仍需结清工资。
     • 实例说明：小张因旷工被辞退，公司需结清其在职期间工资。
   • 违法辞退：公司无正当理由辞退员工，除结清工资外，还需支付赔偿金（经济补偿标准的二倍）。

三、维权途径

如果公司未按时支付工资，员工可以通过以下途径维护自身权益：

1. 协商先行：首先尝试与公司进行友好协商，明确要求结清拖欠工资，并保留好相关沟通记录。

2. 法律途径：

   • 向劳动监察部门投诉：如协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉，寻求督促支付。
   • 申请劳动仲裁：员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求支付拖欠工资及经济补偿。
   • 提起诉讼：若对仲裁结果不满，员工可向人民法院提起诉讼，通过司法程序维护自身合法权益。

四、注意事项

1. 保留证据：员工应妥善保管好劳动合同、工资条、考勤记录等相关证据材料，以便在需要时证明自己的权益。

2. 经济损失赔偿：若员工给用人单位造成损失，用人单位可按合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过工资的20%，且剩余工资不得低于当地最低工资标准。

总结：离职时要求公司结清拖欠工资是员工的合法权利，有明确的法律依据支持。在面对公司拖欠工资的情况时，员工应积极采取措施维护自身权益，从协商到法律途径再到司法救济，逐步推进以确保工资得到及时结清。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。